基因或蛋白富集分析，gsea与ssgsea
大家应该对通路富集分析都很熟悉，如DAVID、超几何富集分析等。都是在大量文章中常见的通路富集方法，给大家介绍一个更加复杂的通路富集分析的前期数据处理包GSVA（gene set variation analysis）与gsea选择。GSVA是一种非参数的无监督分析方法，主要用来评估芯片核转录组 ...
原文：《GSEA富集分析 - 界面操作》
生信宝典之前总结了一篇关于GSEA富集分析的推文 GSEA富集分析 界面操作 ，介绍了GSEA的定义 GSEA原理 GSEA分析 Leading edge分析等，不太了解的朋友可以点击阅读先理解下概念 下面摘录一部分 。 GSEA案例解析介绍GSEA分析之前，我们先看一篇Cell文章 https: sci hub.tw . j.cell. . . 的一个插图。 以下是文章原文对图的注解：GSEA ...
2021-09-16 22:38 0 168 推荐指数：
相关推荐
GSEABase | clusterProfiler | GSEA富集分析 | MSigDB
2023年09月01日 log2FC <- log2(rowMeans(TPM[,high.samples])+1) - log2(rowMeans(TPM[,low.sample ...
GSEA-基因集富集分析
1.为什么写？ 网上教程一抓一大把，有的能重复，有的不能重复不了，很多原因。别人能做的不代表你能复制，实践出真知。 不做搬运工，只写有用的，防止以后忘记。每个人理解不同，记录下来，供自己今后参考，顺便分享他人。 2.GSEA基本概念 Gene Set Enrichment ...
基因探针富集分析（GSEA）& GO & pathway
http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的简称，是生物学家为了衡量基因的功能而而发起的一个项目，从分 ...
利用GSEA对基因表达数据做富集分析
image Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method ...
GSEA - Gene set enrichment analysis 基因集富集 | ORA - Over-Representation Analysis 分析原理与应用
R批量做GSEA分析还没有官方的包，但是clusterprofiler可以做，它调用了最新的gfsea包。Gene Set Testing for RNA-seq - fgsea教程 RNA-seq是利器，大部分做实验的老板手下都有大量转录组数据，所以RNA-seq的分析需求应该是很大 ...
功能富集分析概述
基因功能的富集分析已成为高通量组学数据分析的常规手段，对于揭示生物医学分子机制具有重要意义。关于GO、KEGG、GSEA等等这些词，网上也有很多教程，教大家怎么做GO分析、怎么做GSEA分析等等。但我们不仅要知其然，还要知其所以然。这里，我找到两篇富集分析的综述，跟大家一起学习一下 ...
GO富集分析
GO的主要用途之一是对基因组进行富集分析。例如，给定一组在特定条件下上调的基因，富集分析将使用该基因组的注释发现哪些GO术语被过度表示（或未充分表示）。 富集分析工具 用户可以直接从GOC网站的主页进行浓缩分析。此服务连接到PANTHER分类系统 ...