首先,进入NCBI的主页网站:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/view/ 进入后,在下图红色框框位置输入目的SNP,比如rs608139 输完后,出现如下结果,箭头指向的是该SNP当前所在基因座的位置,即p21,由于该SNP在2号染色体 ...
GWAS研究中经常涉及到基因座 locus 的概念,下面简要介绍一下批量注释基因到基因座的方法。 单个基因注释到基因座 对于单个基因的基因座注释,比较简单,常用的工具有:UCSC Genome Browser NCBI。 比如UCSC Genome Browser: 还有NCBI: 批量注释多个基因到基因座 下面介绍一个网页版的批量注释基因到基因座的工具:BioMart 进入网址:http: ww ...
2021-09-06 20:54 0 111 推荐指数:
首先,进入NCBI的主页网站:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/view/ 进入后,在下图红色框框位置输入目的SNP,比如rs608139 输完后,出现如下结果,箭头指向的是该SNP当前所在基因座的位置,即p21,由于该SNP在2号染色体 ...
到底什么是eQTL? eQTL和QTL之间有什么联系?为什么说QTL比eQTL难很多? QTL和GWAS有什么关系? GTEx数据库里的eQTL数据如何利用? 说eQTL之前必须先解释QTL,QTL,一说到中文名就清楚了,数量性状位点,就是一个性状,比如身高,会由成百上千个基因来决定 ...
很多网站对基因结构的描述不清晰或不准确,此处给出较为权威的基因结构: ...
在进化过程中,新基因通常来自事先存在的基因,新基因的功能从先前基因的功能进化而来。新基因的原材料 来自基因组区域的重复,这种重复可包括一个或多个基因。 作为物种形成的伴随事件而被重复,并继续保持相同功能的基因,称为直系同源基因(orthologous gene)。 新的基因功能可由 ...
注释过程:这一步一般都需要手动去鉴定和校正,当然也可以利用一些软件来校正,运用这类过程的 软件 JIGSAW、 EVidenceModeler (EVM)和 GLEAN (以及后续软件 Evigan) 。 通过估计每一个来源的基因证据误差的类型和频率, 进而选择误差最小 ...
gene ontology为了查找某个研究领域的相关信息,生物学家往往要花费大量的时间,更糟糕的是,不同的生物学数据库可能会使用不同的术语,好比是一些方言一样,这让信息查找更加麻烦,尤其是使得机器查找无章可循。Gene Ontology就是为了解决这种问题而发起的一个项目。 Gene ...
目前的从头预测软件大多是基于HMM(隐马尔科夫链)和贝叶斯理论,通过已有物种的注释信息对软件进行训练,从训练结果中去推断一段基因序列中可能的结构,在这方面做的最好的工具是 AUGUSTUS它可以仅使用序列信息进行预测,也可以整合EST, cDNA, RNA-seq ...
基因组注释主要包括四个研究方向:重复序列的识别;非编码RNA的预测;基因结构预测和基因功能注释。我们将分别对这四个领域进行阐述。 1 重复序列的识别。 1.1 重复序列的研究背景和意义:重复序列可分为串联重复序列(Tendam repeat)和散在重复序列 ...