HOMER | MEME | 转录因子的靶基因预测 | motif富集分析
转录因子motif是一些很短的模序（~10bp），在大基因组里很容易出现随机比对，而且是以position weight matrix (PWM)格式来呈现，说明它的可变性，因此研究motif有哪些binding区域是没有意义的，因为很难找到一个方法（阈值）来判断真正的比对和随机的比对 ...
原文：可变剪切调控因子motif基因富集分析 | motif enrichment | FIMO | MEME
类似篇：转录因子motif TSS区域富集分析 motif enrichment HOMER FIMO MEME 一个新的领域，现在我关注的是可变剪切调控因子，如PTBP ，它们有特定的RNA结合motif，类似TF。 相同点： 都是蛋白质的序列结合区域 有特定的序列motif 不同点： TF的motif主要结合在promoter和enhancer，负责基因转录 ASF的motif主要结合在gen ...
2021-08-08 23:12 0 215 推荐指数：
相关推荐
根据motif binding来确定target gene | HOMER | FIMO | MEME
主流的motif数据库 JASPAR dbcorrdb - SCENIC使用的 TRANSFAC® 7.0 Public 2005 and TRANSCompel 7.0 Public 2005 - 现在最新版要收费了 motif格式问题 我关注的这个motif ...
DEPICT实现基因优化（gene prioritization）、gene set富集分析（geneset enrichment）、组织富集分析（tissue enrichment）
全基因组关联分析除了找到显著的关联位点，我们还可以做基因优化、geneset富集分析、组织富集分析，下面具体讲一讲怎么利用GWAS的summary数据做这个分析。 summary数据就是关联分析的结果文件 1 软件安装前请确保需要满足的系统环境 1.1 支持Mac OS X ...
motif分析软件-----Homer的安装
1.下载相关程序： 网址：http://homer.ucsd.edu/homer/download.html 下载其中名为configureHomer.pl的文件。 2.新建文件夹：homer ...
GSEA - Gene set enrichment analysis 基因集富集 | ORA - Over-Representation Analysis 分析原理与应用
的（大部分的生信从业人员应该都差不多要沾边吧）。 普通的转录组套路并不多，差异表达基因、富集分析、WGC ...
homer进行motif分析 ChIP-seq
http://homer.salk.edu/homer/ 【怪毛匠子-整理】 使用HOMER分析CLIP-SEQ数据 24 5 2月 2013 | 程序员 Tags: 生物信息学 · 软件 HOMER是一个使用perl和C写成的motif分析工具。之前在分析clip-seq分析时 ...
基因的可变剪切
什么是基因的可变剪切？ 有些基因的前体mRNA（pre-mRNA）通过不同的剪接方式（选择不同的剪接位点）产生不同的mRNA剪接异构体，这一过程称为可变剪接（或者选择性剪切）（Alternative Splicing）。 常见的可变剪切可以分成6类： 1、外显子跳跃 ...
Network Motif 文献调研
Network Motif 文献调研 概述：Network motifs，可以认为是网络中频繁出现的子图模式，是复杂网络的"构建块"。有两篇发表在science上的论文给出motif比较权威的解释：① MILO, Ron, et al将motifs描述为：recurring ...