NCBI下载SRA数据
从NCBI下载数据本来是一件很简单的事情，但是今天碰到几个坑： 1、paper里没有提供SRA数据号、也没有提供路径； 2、不知道文件在ftp的地址，不能直接用wget下载 所以通过在NCBI官网，直接在SRA搜索栏里： 输入paper的title关键词NIFTY BGI ...
原文：如何利用efetch从NCBI中批量下载数据？
目录 找序列 下序列 假设我要从NCBI中下载全部水稻的mRNA序列，如何实施 找序列 第一步，肯定是找到相关序列。 我从ncbi taxonomy进入，搜索oryza。因为要搜索mRNA核酸序列，从此选择nucleotide，点击Go： 注意，如果你真正想要的是哪些序列。比如，稻属中可能野生稻之类的并非你想要的。这时就要用oryza sativa搜索，或者从oryza中选择合适的。 进一步在左 ...
2021-08-06 00:02 0 147 推荐指数：
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