1.bioMart包的介绍 bioMart包是一个连接bioMart数据库的R语言接口,能通过这个软件包自由连接到bioMart数据库,这个包可以做以下几个工作: 1.查找某个基因在染色体上的位置。反之,给定染色体每一区间,返回该区间的基因; 2.通过EntrezGene的ID ...
安装 biomaRt 包 ensembl transcript id version 转 refseq mrna , ensembl gene id , hgnc symbol 输入文件file.txt如下所示: 转换命令如下: 输出文件new如下所示: ...
2021-07-27 11:15 0 184 推荐指数:
1.bioMart包的介绍 bioMart包是一个连接bioMart数据库的R语言接口,能通过这个软件包自由连接到bioMart数据库,这个包可以做以下几个工作: 1.查找某个基因在染色体上的位置。反之,给定染色体每一区间,返回该区间的基因; 2.通过EntrezGene的ID ...
DAVID网站提供了id转换的功能 1 选择上传gene list文件 2 选择上传ID的类型,我们ID-list.txt中的是Ensembl Gene ID,所以这里选ENSEMBL_GENE_ID 3 这个是类型,因为只做ID转换,所以选Gene ...
1)安装载入 ------------------------------------------- if("org.Hs.eg.db" %in% rownames(installed.packa ...
目录 简介 GS示例代码 简介 R包sommer内置了C++,运算速度还是比较快的,功能也很丰富,可求解各种复杂模型。语法相比于lme4包也要好懂一些。 建议查看文档:vignette("v1.sommer.quick.start") 混合线性模型 ...
看文献的时候,发现了g:Profiler这个宝藏工具,测试了一下,使用起来超级方便、好用,一定要分享给大家~ g:Profiler网址: https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/ 下面具体讲一下该网站的功能。 1、GO 功能富集分析 功能富集分析包括:Gene ...
使用NCBI进行目的基因的引物设计 全文概述 利用生信工具进行目的基因的引物设计,使用了NCBI进行筛选与设计引物,使用 idtdna对筛选出的DNA进行检查。本文分享了如何筛选出高质量的基因引物,帮助想通过生信进行引物设计的学生、从业者找出合适的基因,毕竟购买引物也比较烧钱,避免设计出的基因 ...
目前的从头预测软件大多是基于HMM(隐马尔科夫链)和贝叶斯理论,通过已有物种的注释信息对软件进行训练,从训练结果中去推断一段基因序列中可能的结构,在这方面做的最好的工具是AUGUSTUS它可以仅使用序列信息进行预测,也可以整合EST, cDNA, RNA-seq数据作为先验模型进行预测 ...
lncRNA常用、好用的数据库,供各位看官参考。 1.LNCipedia 该数据库针对人进行lncRNA数据 ...