原文:使用"biomaRt"包进行基因ID转换

安装 biomaRt 包 ensembl transcript id version 转 refseq mrna , ensembl gene id , hgnc symbol 输入文件file.txt如下所示: 转换命令如下: 输出文件new如下所示: ...

2021-07-27 11:15 0 184 推荐指数:

查看详情

bioMart进行基因id转换

1.bioMart的介绍 bioMart是一个连接bioMart数据库的R语言接口,能通过这个软件自由连接到bioMart数据库,这个可以做以下几个工作: 1.查找某个基因在染色体上的位置。反之,给定染色体每一区间,返回该区间的基因; 2.通过EntrezGene的ID ...

Tue Dec 17 23:40:00 CST 2019 0 9191
基因id转换

DAVID网站提供了id转换的功能 1 选择上传gene list文件 2 选择上传ID的类型,我们ID-list.txt中的是Ensembl Gene ID,所以这里选ENSEMBL_GENE_ID 3 这个是类型,因为只做ID转换,所以选Gene ...

Thu May 09 15:48:00 CST 2019 0 2332
生信-使用NCBI进行目的基因的引物设计

使用NCBI进行目的基因的引物设计 全文概述 利用生信工具进行目的基因的引物设计,使用了NCBI进行筛选与设计引物,使用 idtdna对筛选出的DNA进行检查。本文分享了如何筛选出高质量的基因引物,帮助想通过生信进行引物设计的学生、从业者找出合适的基因,毕竟购买引物也比较烧钱,避免设计出的基因 ...

Mon Nov 25 04:11:00 CST 2019 0 336
Augustus 进行基因注释

目前的从头预测软件大多是基于HMM(隐马尔科夫链)和贝叶斯理论,通过已有物种的注释信息对软件进行训练,从训练结果中去推断一段基因序列中可能的结构,在这方面做的最好的工具是AUGUSTUS它可以仅使用序列信息进行预测,也可以整合EST, cDNA, RNA-seq数据作为先验模型进行预测 ...

Tue Apr 07 17:04:00 CST 2020 0 964
基因名称转换问题

lncRNA常用、好用的数据库,供各位看官参考。 1.LNCipedia 该数据库针对人进行lncRNA数据 ...

Thu Aug 01 06:32:00 CST 2019 0 535
 
粤ICP备18138465号  © 2018-2025 CODEPRJ.COM