原文:使用CNVnator分析动植物群体拷贝数变异CNV

目录 .安装 .测试 .动植物群体检测CNV 知名的拷贝数变异分析工具几乎都是为人类变异检测开发,对于动植物重测序分析有些尴尬。不过好在植物群体研究不必那么精细,用同样的工具也可做分析。 地址:https: github.com abyzovlab CNVnator .安装 建议直接用conda。 查看帮助: .测试 首先准备好数据,再利用一个小数据集,比如这里用一条染色体来测试一下流程。 准备 ...

2021-07-25 11:41 0 277 推荐指数:

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DNA拷贝数变异CNV检测——基础概念篇

一、CNV 简介 拷贝数异常(copy number variations, CNVs)是属于基因组结构变异(structural variation),根据大小可分为两个层次:显 微水平(microscopic)和亚显微水平(submicroscopic)。显微水平 ...

Thu Jan 25 02:20:00 CST 2018 0 3627
DNA拷贝数变异CNV检测——基础概念篇

DNA拷贝数变异CNV检测——基础概念篇 一、CNV 简介 拷贝数异常(copy number variations, CNVs)是属于基因组结构变异(structural variation),根据大小可分为两个层次:显 微水平 ...

Tue Oct 16 17:59:00 CST 2018 0 7389
变异检测】CNV分析和应用

前言 拷贝数变异(copy number variation ,CNV)是指基因组上某些大片段的拷贝数增加或减少,可分为缺失(deletion)和重复(duplication)两种类型。CNV是一种基因组结构变异,可通过改变基因剂量和转录结构 ...

Tue Apr 19 19:10:00 CST 2022 0 3263
变异检测】CNV PAV INV TRANS变异检测

前言 SV(大片段结构变异)指在基因组水平上大片段的insertion,deletion,inversion,translocation,duplication等变异。   SV检测分重测序部分和基因组部分,重测序又分二代测序数据和三代测序数据之分。每种分析方法用到 ...

Tue Apr 19 01:22:00 CST 2022 0 5162
动植物基因组组装要点小结

目录 组装策略 辅助技术 PacBio补充 流程 主要分析内容 组装 评估 注释 比较基因组 组装策略 二代测序平台如Illumina、BGI,稳定可靠,数据质量高,成本低,读长短。 三代测序平台 ...

Wed Jan 13 19:55:00 CST 2021 0 449
 
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