单细胞分析实录(16): 非负矩阵分解(NMF)检测细胞异质性
相信做过肿瘤单细胞的小伙伴对这个分析并不陌生，如果多读几篇文献，就能在CNS以及大子刊上面看到这个分析。 非负矩阵分解(Nonnegative Matrix Factorization,NMF)是在矩阵中所有元素均为非负数约束条件之下的矩阵分解方法。 基本思想：给定一个非负矩阵V, NMF ...
原文：单细胞分析实录(17): 非负矩阵分解(NMF)代码演示
本次演示使用的数据来自 年发表于Cell的头颈鳞癌单细胞文章：Single Cell Transcriptomic Analysis of Primary and Metastatic Tumor Ecosystems in Head and Neck Cancer。本次演示提供处理好的测试数据，以及所有代码，一共 个脚本 我目前写得最详细的教程，也是全网少有的 。 数据的预处理就不演示了，预处 ...
2021-07-23 17:27 0 151 推荐指数：
相关推荐
【代码更新】单细胞分析实录(21): 非负矩阵分解(NMF)的R代码实现，只需两步，啥图都有
1. 起因 之前的代码(单细胞分析实录(17): 非负矩阵分解(NMF)代码演示)没有涉及到python语法，只有4个python命令行，就跟Linux下面的ls grep一样的。然鹅，有几个小伙伴不会命令行，所以我决定再改写一下，把命令行都放到R下面运行。 2. 尝试 2.1 一开始 ...
推荐算法——非负矩阵分解(NMF)
一、矩阵分解回想 在博文推荐算法——基于矩阵分解的推荐算法中，提到了将用户-商品矩阵进行分解。从而实现对未打分项进行打分。 矩阵分解是指将一个矩阵分解成两个或者多个矩阵的乘积。对于上述的用户-商品矩阵(评分矩阵)，记为 Vm×n 。能够将其分解 ...
文本主题模型之非负矩阵分解(NMF)
在文本主题模型之潜在语义索引(LSI)中，我们讲到LSI主题模型使用了奇异值分解，面临着高维度计算量太大的问题。这里我们就介绍另一种基于矩阵分解的主题模型：非负矩阵分解(NMF)，它同样使用了矩阵分解，但是计算量和处理速度则比LSI快，它是怎么做到的呢？ 1. 非负矩阵分解(NMF)概述 ...
非负矩阵分解（NMF）原理及算法实现
个商品之间的关系 通常在用户对商品进行打分的过程中，打分是非负的，这就要求： 这便是非负矩阵分解 ...
非负矩阵分解（4）：NMF算法和聚类算法的联系与区别
作者：桂。 时间：2017-04-14 06:22:26 链接：http://www.cnblogs.com/xingshansi/p/6685811.html 声明：欢迎被转载，不过记得注明出处哦~ 前言 之前梳理了一下非负矩阵分解（Nonnegative ...
单细胞分析实录(2): 使用Cell Ranger得到表达矩阵
Cell Ranger是一个“傻瓜”软件，你只需提供原始的fastq文件，它就会返回feature-barcode表达矩阵。为啥不说是gene-cell，举个例子，cell hashing数据得到的矩阵还有tag行，而列也不能肯定就是一个cell，可能考虑到这个才不叫gene-cell矩阵吧~它是 ...