原文:利用ONT测序检测真核生物全基因组甲基化状态

摘要 甲基化在真核生物基因组序列中广泛存在,其中 mC最为普遍,在真核生物基因组中也有发现 mA。捕获基因组中的甲基化状态的常用技术是全基因组甲基化测序 WGBS 和简化甲基化测序 RRBS ,而随着第三代测序技术的完善,ONT单分子纳米孔测序可以从单分子的角度来检出甲基化的胞嘧啶和腺嘌呤电流的变化,从而实现由基因组中的一段序列中检出 mC和 mA,然而精确地从单碱基级别检出 mC和 mA扔具有挑 ...

2021-07-09 11:07 0 260 推荐指数:

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综述:如何研究植物基因组DNA羟甲基化(5hmC)?|易基因

大家好,这里是专注表观学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。 概述: 基因表达模式的变化可能是由于在DNA序列不变的情况下基因组发生的修饰而引起的; 这些修饰包括胞嘧啶甲基化生成5-甲基胞嘧啶(5mC),从而产生可遗传的表观突变和新的表观等位基因。这种类型的非序列变异称为表观遗传学 ...

Tue Apr 12 22:28:00 CST 2022 0 617
PacBio基因组测序和组装

PacBio公司的业务范围也就5个(官网): Whole Genome Sequencing Targeted Sequencing Complex Populations RNA Sequencing Epigenetics 其中基因组测序应该是PacBio ...

Sun Nov 27 04:15:00 CST 2016 0 1379
基因组测序及数据分析基础

华大的春季培训课程之一:https://ke.qq.com/course/1128997?taid=7160092735650341,我认为讲得很好,介绍全面而详细,加了一些个人经验(侵删)。 ...

Sun Mar 29 07:49:00 CST 2020 0 908
基因组鸟枪法测序策略(WGS)

基因组鸟枪法测序是在获得一定的遗传及物理图谱信息的基础上,绕过bac克隆逐个排序的过程,将基因组DNA分解成2kb左右的小片段进行随机测序,辅以一定数量的10kb的克隆和bac克隆的末端测序利用超级计算机进行整合进行序列组装的测序过程。 基因组鸟枪法测序的主要步骤 ...

Fri Dec 13 03:29:00 CST 2019 0 412
一个基因组测序分析实战

Original 2017-06-08 曾健明 生信技能树 这里选取的是 GATK best practice 是目前认可度最高的基因组测序分析流程,尤其适用于 人类研究。 PS:其实本文应该属于直播我的基因组系列,有两个原因把它单独拿出来 ...

Sun Jul 02 07:49:00 CST 2017 0 10268
基因组测序 从头测序(de novo sequencing) 重测序(re-sequencing)

基因组测序 基因组测序分为从头测序(de novo sequencing)和重测序(re-sequencing)。 从头测序(de novo)不需要任何参考基因组信息即可对某个物种的基因组进行测序利用生物信息学分析方法进行拼接、组装,获得该物种的基因组 ...

Fri Oct 19 19:16:00 CST 2018 0 13208
基因组测序WGS数据分析——1.DNA测序技术》学习笔记

WGS(Whole Genome Sequencing) 指将物种细胞里面完整的基因组序列全部DNA,检测并排列,此技术几乎能够鉴定出基因组上任何类型的突变。 对于人类来说,基因组测序的价值是极大的,它的信息包含了所有基因和生命特征之间的内在关联性,当然也意味着更大的数据解读 ...

Tue Jun 29 19:59:00 CST 2021 0 161
基因组测序及分析

基因组测序: 浓度>=50ng/ul OD260/280:1.8-2.0 DNA两次需要量>=3ug 宏基因组测序需要提供什么样品要求? (1)提供环境微生物基因组DNA或者扩增产物,OD值在1.8 ...

Wed Aug 02 05:39:00 CST 2017 0 1129
 
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