1、测试数据 2、计算观测杂合度和期待杂合度 ...

在测序一个新物种时，首先需要对该物种的基因组结构有所了解，包括以下几个内容： 基因组大小 重复片段大小 杂合度大小 基因组越大，杂合度也大，重复片段越大，该物种的组装难度就越大。通常我们会通过genome survery分析，对以上几个指标 ...

一、联系 当一个程序段或语句（指令） 引用了其它程序段或语句（指令）中所定义或使用的数据名（即存贮区、地址等）或代码时，他们之间就发生了联系。一个程序被划分为若干模块时，联系既可存在于模块之间，也可 ...

1、准备测试数据10个样本，10个位点 2、提取特定位点 [root@linuxprobe test]# ls test.map test.ped testsite.map testsite.ped testsite.txt [root@linuxprobe ...

不同时，则称该区域为杂合子(Heterozygous)。由于个体的体细胞染色体基本上时配对的，这给杂合子的存在 ...

一、什么是耦合度　　耦合度就是某模块（类）与其它模块（类）之间的关联、感知和依赖的程度，是衡量代码独立性的一个指标，也是软件工程设计及编码质量评价的一个标准。耦合的强度依赖于以下几个因素：（1）一个模块对另一个模块的调用；（2）一个模块向另一个模块传递的数据量；（3）一个模块施加到另一个模块的控制 ...

PLINK提供了“--ld”的参数计算两个SNP位点的连锁不平衡值。 命令如下： plink --file file --ld rs123 rs134 --out rs123_rs134 生成如下数据： --ld rs123 rs134: R-sq ...

如下图片所示： 对于位置为48245131的allele来说，REF为A，ALT为C 想确定变异到底是纯合还是杂合，即两条染色体是否同时发生了变异，则看GT，GT对应的数值为0/1，说明该变异为杂合； 如果GT对应的数值为0/0，说明该变异为纯合。 ...