post-GWAS：使用coloc进行共定位分析(Colocalization)
GWAS找到显著信号位点后，需要解释显著信号位点如何影响表型。 常见的一个解释方法是共定位分析。 主流的共定位分析包括： 1）GWAS和eQTL共定位； 2）GWAS和sQTL共定位； 3）GWAS和meQTL共定位； 4）GWAS和pQTL共定位； 其中，GWAS ...
原文：使用coloc进行QTL数据的共定位分析
共定位分析是一种用贝叶斯检验来分析两种可能相关的表型是否在给定区域内共享共同的遗传因果变异的方法，本文中，我们使用 coloc 包来进行共定位分析。 数据的准备 MAF的计算 我们的共定位的目的是为了找出caQTL eQTL与meQTL的共定位，主角是我们的caQTL数据。coloc需要SNP的次等位基因频率 MAF 以及样本量信息，这两部分信息需要从基因型文件中提取，因此，我们的第一步就是从基因 ...
2021-07-07 16:02 1 395 推荐指数：
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