原文:单细胞分析实录(16): 非负矩阵分解(NMF)检测细胞异质性

相信做过肿瘤单细胞的小伙伴对这个分析并不陌生,如果多读几篇文献,就能在CNS以及大子刊上面看到这个分析。 非负矩阵分解 Nonnegative Matrix Factorization,NMF 是在矩阵中所有元素均为非负数约束条件之下的矩阵分解方法。 基本思想:给定一个非负矩阵V, NMF能够找到一个非负矩阵W和一个非负矩阵H, 使得矩阵W和H的乘积近似等于矩阵V中的值。 放在我们单细胞转录组的场 ...

2021-06-25 20:14 0 216 推荐指数:

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单细胞分析实录(17): 矩阵分解(NMF)代码演示

本次演示使用的数据来自2017年发表于Cell的头颈鳞癌单细胞文章:Single-Cell Transcriptomic Analysis of Primary and Metastatic Tumor Ecosystems in Head and Neck Cancer。本次演示提供处理 ...

Sat Jul 24 01:27:00 CST 2021 0 151
单细胞分析实录(4): doublet检测

最近Cell Systems杂志发表了一篇针对现有几种检测单细胞测序doublet的工具的评估文章,系统比较了常见的例如Scrublet、DoubletFinder等工具在检测准确、计算效率等方面的优劣,以及比较了使用不同方法去除doublet后对下游DE分析、轨迹分析的影响。 现有的检测 ...

Thu Dec 31 20:41:00 CST 2020 0 351
单细胞分析实录(2): 使用Cell Ranger得到表达矩阵

Cell Ranger是一个“傻瓜”软件,你只需提供原始的fastq文件,它就会返回feature-barcode表达矩阵。为啥不说是gene-cell,举个例子,cell hashing数据得到的矩阵还有tag行,而列也不能肯定就是一个cell,可能考虑到这个才不叫gene-cell矩阵吧~它是 ...

Mon Dec 28 22:12:00 CST 2020 0 1091
文献(5): 单细胞转录组揭示人类纤维化皮肤病中成纤维细胞异质性

一句话评价:小样本量单细胞转录组在冷门疾病领域应用前景尚可,常规套路也能发NC 1. Title 标题可以看出本研究的主要内容:①构建成纤维细胞的图谱/揭示成纤维细胞异质性;②找到一群(相对于正常样本)在纤维化皮肤病中含量升高的间充质成纤维细胞 2. Background ...

Sat Oct 23 09:24:00 CST 2021 0 215
单细胞分析实录(10): 消除细胞周期的影响

如果读过一些单细胞的文献,应该会经常看到一群名为"cycling cell"的亚群,T细胞、B细胞、上皮细胞等等在分亚群的时候,都可能碰到。实际上,这群细胞只是因为高表达一些与细胞周期相关的基因,才会被单独聚成一群,里面可能包含多种细胞亚群的混合,只要它们处于细胞周期/增殖状态 ...

Wed Mar 17 02:30:00 CST 2021 0 418
单细胞分析实录(7): 差异表达分析/细胞类型注释

前面已经讲解了: 单细胞分析实录(1): 认识Cell Hashing 单细胞分析实录(2): 使用Cell Ranger得到表达矩阵 单细胞分析实录(3): Cell Hashing数据拆分 单细胞分析实录(4): doublet检测 单细胞分析实录(5): Seurat标准流程 单细胞 ...

Fri Jan 08 02:43:00 CST 2021 3 3438
单细胞分析实录(1): 认识Cell Hashing

这是一个新系列 差不多是一年以前,我定导后没多久,接手了读研后的第一个课题。合作方是医院,和我对接的是一名博一的医学生,最开始两边的老师很排斥常规的单细胞文章思路,即各大类细胞分群、注释、描述,所以起初的几个月都在摸索一条主线,再后来有主线了,要加实验验证,周期有点长。我这边的分析基本做完 ...

Mon Dec 28 22:10:00 CST 2020 0 401
 
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