RNA测序的质量控制 发表评论 3,112 A+ 所属分类: Transcriptomics 收 藏 ENCODE项目向我们揭示 ...
单细胞测序之质控分析 QC 为什么要做质控 在细胞分离过程中的细胞损伤或者文库制备的失败 无效的逆转录或者PCR扩增失败 ,往往会引入一些低质量的数据。这些低质量的数据的主要特点是 以下一行表示一个基因,一列表示一个细胞 : 细胞整体上的counts值少 从列的角度看,一列数据的总和偏小 基因的低表达 从行的角度看,一行数据普遍过小 线粒体基因或者spike in的比例相对较高 如果这些损伤的行或 ...
2021-06-25 19:31 0 523 推荐指数:
RNA测序的质量控制 发表评论 3,112 A+ 所属分类: Transcriptomics 收 藏 ENCODE项目向我们揭示 ...
一、单细胞测序简介 单细胞测序技术(single cell sequencing)是指在单个细胞水平上,对基因组、转录组、表观组进行高通量测序分析的一项新技术,它能够弥补传统高通量测序的局限性,揭示单个细胞的基因结构和基因表达状态,反映细胞间的异质性。 我们经常看到的scRNA-seq ...
三、单细胞测序原理 今天主要介绍单细胞测序原理。10X Genomics和BD Rhapsody是目前单细胞测序的两大主流平台,所以今天的单细胞测序原理介绍也是基于这两个平台的。 (1)10X Genomics单细胞测序原理 上图是10X单细胞测序的原理图。首先要 ...
比对 The raw Drop-seq data was processed with the standard pipeline (Drop-seq tools version 1.12 from ...
本系列文章采用的数据集与代码来自https://github.com/MareesAT/GWA_tutorial。 该教程获得了许多人的推荐,是一份很详细的step-by-step guide。 本文将介绍该教程中的QC部分(1_QC_GWAS.zip),后续 ...
本系列文章采用的数据集与代码来自https://github.com/MareesAT/GWA_tutorial。 该教程获得了许多人的推荐,是一份很详细的step-by-step guide。 本文将介绍该教程中的QC部分(1_QC_GWAS.zip),后续或将继续添加有关QC ...
单细胞测序的知识 刘小泽 已关注 2018.07.20 21:33* 字数 1885 阅读 675评论 0喜欢 7 刘小泽写于18.7.20https://hemberg-lab.github.io ...
基于边合成边测序(Sequencing By Synthesis,SBS)技术,Illumina HiSeq2500高通量测序平台对cDNA文库进行测序,能够产出大量的高质量Reads,测序平台产出的这些Reads或碱基称为原始数据(Raw Data),其大部分碱基质量打分能达到或超过Q30 ...