SAMTOOLS使用 SAM BAM文件处理
【怪毛匠子 整理】 samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步：把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步：sort 一下 BAM ...
原文：使用Python处理BAM的方法
在上一篇的文章里我详细介绍了BAM SAM CRAM 的格式和一些需要注意的细节，还说了该如何使用samtools在命令行中对其进行操作。但是很多时候这些操作是不能满足我们的实际需要的，比如统计比对率 计算在某个比对质量值之上的read有多少，或者计算PE比对的插入片段长度分布，甚至需要你根据实际情况编写一个新的变异检测算法等。这个时候往往难以直接通过samtools来实现 注 ，而是需要编写专门 ...
2021-06-17 16:48 0 218 推荐指数：
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