初学生信——测序技术及其原理
参考： https://zhuanlan.zhihu.com/p/190757472 二代测序 第二代高通量测序也称为下一代测序技术，相比于第一代测序通量更高、速度更快、成本更低，主要有样本制备、文库构建、测序反应等过程。 一、常用概念 泳池（flowcell）：如图所示，测序反应 ...
原文：初学生信——Base-calling（碱基判读技术）
参考：https: zhuanlan.zhihu.com p Base calling是一种算法 软件 ：可以从row images 原始图像 里通过计算机视觉的方式识别碱基类型 DNA序列 ，将结果写到cal文件里，最后帮助我们生成测序报告和FastQ数据。 Base Flourescence：荧光 signal detection：信号检测 每一次保存图像后，算法软件会找到每一个DNB DNA ...
2021-06-02 10:31 0 1366 推荐指数：
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参考： https://zhuanlan.zhihu.com/p/61963366 一、目的 讲解二代测序如何从很短的reads拼接为一个完整的基因组（双端测序，如何对 paired-end 进 ...
初学生信——生物基本概念
1、ORF：开放阅读框，开放阅读框是基因序列的一部分，包含一段可以编码蛋白的碱基序列，不能被终止子打断。从起始密码子开始，到终止密码子结束。前面是5‘UTR， 后面是3’UTR，ORF一般是针对mRNA来说的。 mRNA由基因序列转录得来，一个基因可能有几条不同的转录本，因而对 ...
四种不同的SNP calling算法call低碱基覆盖度测序数据时，SNVs数量的比较（Comparing a few SNP calling algorithms using low-coverage sequencing data）
摘要：如果不设置任何过滤标准的话，SOAPsnp会call出更多的SNVs；AtlasSNP2算法比较严格，因此call出来的SNVs数量是最少的，GATK 和 SAMtools call出来的数量位于SOAPsnp 和 Atlas-SNP2之间；四种calling算法的整体一致性是很低的，尤其在 ...
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添加学生信息（连接数据库初学）
主要功能有： 1登录账号：要求由6到12位字母、数字、下划线组成，只有字母可以开头； 2登录密码：要求显示“• ”或“*”表示输入位数，密码要求八位以上字母、数字组成。 3性别：要求用单选框或下 ...
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从零开始学生信-meme的安装和使用
软件：meme-suit 用途：鉴定motif 目的：其实我这里主要是为了使用streme模块（因为sequence number超过50）。 办法： 1. 如果只安装meme，可以直接用co ...