原文:初学生信——双端测序原理

参考: https: zhuanlan.zhihu.com p 一 目的 讲解二代测序如何从很短的reads拼接为一个完整的基因组 双端测序,如何对 paired end 进行拼接 二 单端测序 测序中最简单的办法,只有一种测序引物,使得PCR只能沿着这个引物的方向进行,所有的reads都只能按照一个方向进行读取。但是这带来了一些问题,以illumina为例,测序的质量会随着测序的进行而下降,所以 ...

2021-06-02 10:00 0 2744 推荐指数:

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初学生——测序技术及其原理

参考: https://zhuanlan.zhihu.com/p/190757472 二代测序 第二代高通量测序也称为下一代测序技术,相比于第一代测序通量更高、速度更快、成本更低,主要有样本制备、文库构建、测序反应等过程。 一、常用概念 泳池(flowcell):如图所示,测序反应 ...

Wed Jun 02 03:48:00 CST 2021 0 1266
测序(Single- ead)和测序(Pai ed-end和Mate-pai )的关系

Roche 454,Solexa和ABI SOLID均有单测序测序两种方式。在基因组De Novo测序过程中,Roche454的单测序读长可以达到400p,经常用于基因组骨架的组装,而Solexa和ABI SOLID测序可以用于组装scaffolds和填补gap。下面以solexa ...

Thu Nov 16 18:35:00 CST 2017 0 6709
初学生——生物基本概念

1、ORF:开放阅读框,开放阅读框是基因序列的一部分,包含一段可以编码蛋白的碱基序列,不能被终止子打断。从起始密码子开始,到终止密码子结束。前面是5‘UTR, 后面是3’UTR,ORF ...

Tue Jun 01 19:12:00 CST 2021 1 2020
初学生——Base-calling(碱基判读技术)

参考:https://zhuanlan.zhihu.com/p/340449764 Base calling是一种算法(软件):可以从row images(原始图像)里通过计算机视觉的方式识别碱基类型(DNA序列),将结果写到cal文件里,最后帮助我们生成测序报告和FastQ数据 ...

Wed Jun 02 18:31:00 CST 2021 0 1366
1、纳米孔测序原理

1、原理(马达蛋白 纳米孔蛋白 电阻膜) 1.1 马达蛋白牵引DNA/RNA 与纳米孔蛋白结合,因为薄膜两电势差导致解链后的链可以通过纳米孔。而通纳米孔的碱基因为结构和带电的不同产生的电阻不同,导致电信号不同。最后通过basecalling的方法对原始的电信号解读获得碱基。 1.2 ...

Fri Mar 06 01:47:00 CST 2020 0 1688
ArrayDeque队列 使用&实现原理分析

ArrayDeque队列 使用&实现原理分析 学习Okhttp实现源码时,发现其任务分发时用到了ArrayDeque。因此了解一下ArrayDeque的使用方式和实现原理。 一、Deque deque(double-ended queue)队列,是一种具有队列和栈的性质 ...

Thu Jun 04 22:57:00 CST 2020 0 599
单细胞转录组测序技术原理

From: https://mp.weixin.qq.com/s/4dtXwK1KTLXndGvO5m2BEQ 单细胞测序主要涉及单细胞基因组测序和转录组测序两个方面,分别针对单细胞DNA及RNA进行序列分析和比较。单细胞测序一直是科学家关注的一个热点。单细胞基因组测序目前主要有两种扩增 ...

Wed Jun 30 17:19:00 CST 2021 0 525
 
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