原文:bam/sam 文件格式详解

sam bam 是一种序列比对格式标准,由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果。通常是把FASTQ文件格式的测序数据比对到对应的参考基因组版本得到的。 header 部分 sam 分为两部分,注释信息 header section 和比对结果部分 alignment section 。通常是把FAST ...

2021-05-31 17:27 0 1389 推荐指数:

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文件格式——Sam&bam文件

Sam&bam文件 SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果。当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件 ...

Wed May 03 19:38:00 CST 2017 0 12667
bam/sam格式说明

SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔(\t),从左到右分别是: 1 QNAME,序列的名字(Read的名字) 2 FLAG, 概括出一个合适的标记,各个数字分别代表 1 序列是一对序列中的一个 2 比对结果是一个pair-end比对的末端 ...

Fri Apr 08 17:24:00 CST 2016 0 6291
SAM/BAM文件处理

当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件SAM的全称是sequence alignment/map format。而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary)。 那么SAM文件格式是什么样子的呢?如果你想真实地了解SAM文件 ...

Mon Dec 12 03:46:00 CST 2016 0 5502
SAMTOOLS使用 SAM BAM文件处理

【怪毛匠子 整理】 samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM ...

Thu Dec 27 17:35:00 CST 2018 0 6697
bam文件格式说明

bam文件说明 bam文件sam文件内容其实是一样的,只是bam是二进制的压缩文件,需要通过特定的软件来进行查看,bam文件通常可以理解为12个字段组成 BAM格式分为header section(头部分,注释信息,以@开头,可有可无)和alignment section(比对 ...

Fri May 24 21:55:00 CST 2019 0 2387
pysam - 多种格式基因组数据(sam/bam/vcf/bcf/cram/…)读写与处理模块(python)

在开发基因组相关流程或工具时,经常需要读取、处理和创建bam、vcf、bcf文件。目前已经有一些主流的处理此类格式文件的工具,如samtools、picard、vcftools、bcftools,但此类工具集成的大多是标准功能,在编程时如果直接调用的话往往显得不够灵活。 本文介绍的是一个处理 ...

Mon Sep 26 20:58:00 CST 2016 0 8381
文件格式】解读sam格式文件

1,SAM文件格式介绍 SAM(The Sequence Alignment / Map format)格式,即序列比对文件格式,详细介绍文档:http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf SAM文件由两部分组成,头部区和主体区,都以tab分列 ...

Wed Dec 25 00:34:00 CST 2019 0 1129
 
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