原文:如何根据fasta快速统计基因组大小及其各染色体长度?

基因组长度 利用seqkit统计长度 结果如下: sum len总长度 各条染色体 利用pyfaidx 或者利用samtools建立的索引 结果 这里把gap也算进去了。如果不想统计,就自己写个脚本吧。 https: pypi.org project pyfaidx ...

2021-05-28 14:13 0 2451 推荐指数:

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如何快速将参考基因组拆分为各条染色体序列?

目录 需求 方法一 方法二 需求 客户反映,完整的基因组太大打不开,要我将之按各条染色体和scaffold拆分。如何快速实现? 方法一 借助工具: 方法二 自己写脚本:split.pl 运行:perl split.pl ...

Thu Apr 29 01:05:00 CST 2021 0 314
基因染色体定位

1.基因染色体定位TBtools Graphics-show gene on chr-第一个 文件准备: ①染色体长度信息 ②基因位置信息 #①:染色体长度文件 用基因组序列提取每条染色体长度信息,结果是NC_开头的基因组编号,不是染色体号 记录 ...

Fri Dec 10 18:58:00 CST 2021 0 4019
参考基因组fasta文件添加index

参考基因组fasta文件添加index 命令一 命令二 (投递任务时,500M内存够用) 命令三 这三个命令下来,建立的参考基因组的index够大部分生信流程用 ...

Wed Mar 10 23:50:00 CST 2021 0 268
五个网站查物种基因组大小

动物基因组大小(需翻墙) 植物已测序的基因组大小 真菌基因组大小 原核生物基因组大小 5.NCBI怎么缺呢 注:若如,可要查近源种 ...

Wed Jun 12 01:00:00 CST 2019 0 538
细胞,染色体,DNA与基因的关系

资料来源: 细胞、染色体、DNA和基因的关系 细胞核中包含染色体,人体共有23对染色体(22+XY/XX),染色体由DNA组成,DNA是由互补碱基对组成的双螺旋结构,DNA链中只有一部分信息可以编码为蛋白质,这些蛋白质是构成细胞和组织最小的组成成分,这些有效编码的部分称为gene,而不能有效编码 ...

Wed Jun 24 23:40:00 CST 2020 0 2646
计算基因组外显子长度

下载基因组外显子信心 网站 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/CCDS/current_human/ wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/CCDS/current_human/CCDS.current.txt 运行下列代码 ...

Tue Jan 10 07:51:00 CST 2017 0 1375
基因组注释

基因组注释主要包括四个研究方向:重复序列的识别;非编码RNA的预测;基因结构预测和基因功能注释。我们将分别对这四个领域进行阐述。 1 重复序列的识别。 1.1 重复序列的研究背景和意义:重复序列可分为串联重复序列(Tendam repeat)和散在重复序列 ...

Mon Jan 11 19:48:00 CST 2016 0 4001
综述 - 染色质可及性与调控表观基因组 | Chromatin accessibility and the regulatory epigenome

RNA-seq这个工具该什么时候用?ATAC-seq该什么时候用?有相当一部分项目设计不行,导致花大钱测了一些没有意义的数据。 还是在中心法则这个框架下来解释,这是生物信息的核心。打开华大科技服务官网梳理一下现在到底都有些什么测序技术: 全基因组测序和重测序 - 组装以及寻找变异 ...

Fri Feb 15 01:53:00 CST 2019 0 2664
 
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