原文:单细胞分析实录(14): 细胞类型注释的另一种思路 — CellID

之前写过一篇细胞类型注释的推文:单细胞分析实录 : 差异表达分析 细胞类型注释,里面介绍了细胞类型注释的两种思路。在谈到自动注释时,我们基本都会用SingleR这个软件,类似的软件还有很多,原理上可能五花八门,但表现不一定有SingleR好。很多软件在做注释时会基于某个细胞和参考细胞表达谱的相似性,今天看到的这个软件使用的是另一种思路:将某个细胞的特征基因集与表征细胞类型的参考基因集做富集分析,当 ...

2021-05-27 23:17 0 344 推荐指数:

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单细胞分析实录(8): 展示marker基因的4图形(一)

今天的内容讲讲单细胞文章中经常出现的展示细胞marker的图:tsne/umap图、热图、堆叠小提琴图、气泡图,每个图我都会用两种方法绘制。 使用的数据来自文献:Single-cell transcriptomics reveals regulators underlying immune ...

Sat Jan 09 06:29:00 CST 2021 0 2314
单细胞分析实录(9): 展示marker基因的4图形(二)

在上一篇中,我已经讲解了展示marker基因的前两图形,分别是tsne/umap图、热图,感兴趣的读者可以回顾一下。这一节我们继续学习堆叠小提琴图和气泡图。 3. 堆叠小提琴图展示marker基因 相比于其他可视化形式,小提琴图可以更直观地展示某一类亚群的某一个基因的表达分布情况 ...

Wed Mar 03 06:25:00 CST 2021 0 946
单细胞分析实录(4): doublet检测

最近Cell Systems杂志发表了一篇针对现有几种检测单细胞测序doublet的工具的评估文章,系统比较了常见的例如Scrublet、DoubletFinder等工具在检测准确性、计算效率等方面的优劣,以及比较了使用不同方法去除doublet后对下游DE分析、轨迹分析的影响。 现有的检测 ...

Thu Dec 31 20:41:00 CST 2020 0 351
单细胞分析实录(10): 消除细胞周期的影响

如果读过一些单细胞的文献,应该会经常看到一群名为"cycling cell"的亚群,T细胞、B细胞、上皮细胞等等在分亚群的时候,都可能碰到。实际上,这群细胞只是因为高表达一些与细胞周期相关的基因,才会被单独聚成一群,里面可能包含多种细胞亚群的混合,只要它们处于细胞周期/增殖状态 ...

Wed Mar 17 02:30:00 CST 2021 0 418
单细胞分析实录(1): 认识Cell Hashing

这是一个新系列 差不多是一年以前,我定导后没多久,接手了读研后的第一个课题。合作方是医院,和我对接的是一名博一的医学生,最开始两边的老师很排斥常规的单细胞文章思路,即各大类细胞分群、注释、描述,所以起初的几个月都在摸索一条主线,再后来有主线了,要加实验验证,周期有点长。我这边的分析基本做完 ...

Mon Dec 28 22:10:00 CST 2020 0 401
单细胞分析实录(5): Seurat标准流程

前面我们已经学习了单细胞转录组分析的:使用Cell Ranger得到表达矩阵和doublet检测,今天我们开始Seurat标准流程的学习。这一部分的内容,网上有很多帖子,基本上都是把Seurat官网PBMC的例子重复一遍,这回我换一个数据集,细胞类型更多,同时也会加入一些实际分析中很有用的技巧 ...

Wed Jan 06 07:43:00 CST 2021 1 2692
单细胞分析实录(12): 如何推断肿瘤细胞

公众号后台回复20210418,获取本文的测试数据 1. 回顾 前面我已经讲解了inferCNV的基本用法,这一节继续学习:如何推断肿瘤细胞。本文应该是到目前为止,全网最详细的帖子(之一)。 关于肿瘤细胞的推断,比如研究上皮细胞起源的肿瘤,我见过的一些做法如下 简单粗暴型 ...

Mon Apr 19 06:25:00 CST 2021 0 703
 
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