见命令: bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz 参考链接:http://vcftools.sourceforge.net/htslib.html#merge ...
. 软件的安装 a. bcftools 的安装 b. bgzip的安装:https: blog.csdn.net weixin article details 下载链接:https: github.com samtools htslib releases download . . htslib . . .tar.bz . 合并 第一步: 用bgzip将所有的vcf文件压缩 bgzip c f f ...
2021-05-23 21:26 0 5973 推荐指数:
见命令: bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz 参考链接:http://vcftools.sourceforge.net/htslib.html#merge ...
在对vcf的操作有这样三个软件: 利用Bcftools按样本拆分文件主要利用了“--view”这个软件包,主要代码如下: 这里面三个参数: 就可以完成了。 ...
1. bgzip 压缩 vcf 文件为 gz 文件 bgzip -c T8_B8_TN_20171226190133_TN_haplotyper.vcf >T8_B8_TN_20171226190133_TN_haplotyper.vcf.gzbgzip -c ...
通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的,但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的,这里就需要我们将不同samples的文件进行合并,可以通过vcftools的perl模块进行 ...
1、下载安装bcftools。 2、准备样本ID文件,这里命名为samplelistname.txt,一个样本一行,如下所示: sample1 sample2 sample3 3、输入命令: bcftools view -S samplelistname.txt ...
做群体变异检测后,通常会有提取子集的操作,之前没有发现bcftools有这个功能,都是自己写脚本操作,数据量一上来,速度真的是让人无语凝噎。这里记录下提取子vcf文件的用法,软件版本:bcftools-1.5 一、根据个体提取子集 根据样品名提取vcf文件,准备要保留的个体名文件 ...
tabix 可以对NGS分析中常见格式的文件建立索引,从而加快访问速度,不仅支持VCF文件,还支持BED, GFF,SAM等格式。 下载地址: 由于snp数量多,所以vcf文件也非常大,常见做法用bgzip进行压缩 压缩之后,原本的view.vcf文件就变成 ...