原文:用bcftools将多个vcf文件合并成一个vcf文件 或将多个vcf和合并成的vcf文件拆分成单个样本的vcf文件

. 软件的安装 a. bcftools 的安装 b. bgzip的安装:https: blog.csdn.net weixin article details 下载链接:https: github.com samtools htslib releases download . . htslib . . .tar.bz . 合并 第一步: 用bgzip将所有的vcf文件压缩 bgzip c f f ...

2021-05-23 21:26 0 5973 推荐指数:

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bcftools合并vcf文件

见命令: bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz   参考链接:http://vcftools.sourceforge.net/htslib.html#merge ...

Fri Jul 06 23:10:00 CST 2018 5 1305
BCFTOOLS】按样本拆分VCF文件

在对vcf的操作有这样三个软件: 利用Bcftools样本拆分文件主要利用了“--view”这个软件包,主要代码如下: 这里面三个参数: 就可以完成了。 ...

Fri Jul 13 18:05:00 CST 2018 0 1418
Bcftools合并不同sample的vcf文件,通过bcftools

通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的,但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的,这里就需要我们将不同samples的文件进行合并,可以通过vcftools的perl模块进行 ...

Fri Jul 13 23:07:00 CST 2018 0 4474
bcftools 提取vcf(snp/indel)文件子集

做群体变异检测后,通常会有提取子集的操作,之前没有发现bcftools有这个功能,都是自己写脚本操作,数据量一上来,速度真的是让人无语凝噎。这里记录下提取子vcf文件的用法,软件版本:bcftools-1.5 一、根据个体提取子集 根据样品名提取vcf文件,准备要保留的个体名文件 ...

Thu Nov 28 05:24:00 CST 2019 0 989
tabix 操作VCF文件

tabix 可以对NGS分析中常见格式的文件建立索引,从而加快访问速度,不仅支持VCF文件,还支持BED, GFF,SAM等格式。 下载地址: 由于snp数量多,所以vcf文件也非常大,常见做法用bgzip进行压缩 压缩之后,原本的view.vcf文件就变成 ...

Thu Mar 26 04:50:00 CST 2020 0 3929
 
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