原文:用blast blastn进行短序列的搜索(比对)

blastn 多加上 task blastn short word size evalue task:设置比对模式,通常情况会有一个默认task,这里要设置为blastn short word size:尽可能小,这里设为 evalue:类似于p值的一个指标,越小说明越可靠 Tasks Task Description blastp Traditional BLASTP to compare a ...

2021-05-17 17:25 0 1893 推荐指数:

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用blastall进行序列比对

用blastall进行序列比对 blastall是最常用的blast程序之一,其功能非常强大,其下面有非常多的参数,但是一般使用的参数如:-p、-i、-d、-o、-e等几个。 -p: 执行的程序名称 -d: 搜索的数据库名称 -i : 要查询的序列文件名(Query File ...

Fri Mar 06 18:38:00 CST 2020 0 698
生信分析-windows-blast序列比对

这是一个尝试性的文章,能不能解决我要解决的问题,并不清楚。 ===本文利用NCBI的blast界面,实现将序列比对上reference基因组,并实现变异位点可视化。===补言=== 比对常用的是NCBI网站,打开NCBI。(百度 谷歌直接搜索NCBI, 现在中国也在搭建和完善国家生物信息中心 ...

Thu Dec 03 02:28:00 CST 2020 0 487
megacc的进行序列比对

1.软件的安装: 网站:http://www.megasoftware.net/ windows上安装,下载windows-command line(cc)版本的,格式为zip,解压之后,里面有两 ...

Fri Dec 22 03:59:00 CST 2017 0 1842
bowtie:序列比对的新工具

bowtie:序列比对的新工具(转) (2014-11-17 22:15:24) 转载▼ 标签: 转载 原文地址: bowtie:序列比对的新工具(转 ...

Sat Nov 10 06:51:00 CST 2018 0 813
MAFFT 进行序列比对

;ClustalW)。因此,推荐使用 MAFFT 软件进行序列比对。 安装 ...

Mon Dec 30 03:01:00 CST 2019 0 2962
muscle 软件进行序列比对

今天在使用muscle 软件进行序列比对时,发现输出的结果全部为gap, 而且还没有明显的报错信息 找了很久之后,终于发现了问题 muscle 为了追求速度,对输入序列的个数和长度进行了限制 下面是官方说明文档中的原话: 我的输入序列长度为5k 左右, 最终输出的结果全部为gap ...

Tue Jun 27 22:20:00 CST 2017 0 2409
比对软件BlastBlast+,Diamond比较

1. Blast (1)格式化数据库 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要参数: -i 输入需要格式化的源数据库名称 -p 文件类型,是核苷酸序列数据库(F - nucleotide)/蛋白质序列数据库(T – protein ...

Thu Feb 28 06:15:00 CST 2019 0 2266
 
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