使用vcftools或者gcta计算群体间固定指数（Fixation index，FST）
下列所用到的数据均为千人基因组数据库 1、通过vcftools计算FST 命令行如下： 其中，input_data.vcf就是输入的vcf格式 population_1.txt的格式如下： population_2.txt的格式同population_1.txt ...
原文：Fst计算
在群体遗传学中衡量群体间的遗传分化的程度的指标有许多种，较为常见的就是遗传分化指数 Fst ，fst是由F统计量演变而来，F统计量主要有三种 FIS，FIF，FST 。Fst是针对一对等位基因，如果基因座上存在复等位基因，则需要用Gst衡量，基因差异分化系数 gene differentiation coefficient，Gst 。假定有s个地方群体，第k个地方群体相对大小为wk，第k个地方群 ...
2021-04-09 17:53 0 502 推荐指数：
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群体遗传学--Fst指数，即群体间分化指数，用于群体间分化分析。 群体遗传学中衡量群体间分化程度的指标有很多种，最常用的就是Fst指数。Fst指数，由F统计量演变而来。F统计量（FIS，FIT，FST）主要有三种。Fst是针对一对等位基因，如果基因座上存在复等位基因，则需要用Gst ...
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