HOMER | MEME | 转录因子的靶基因预测 | motif富集分析
转录因子motif是一些很短的模序（~10bp），在大基因组里很容易出现随机比对，而且是以position weight matrix (PWM)格式来呈现，说明它的可变性，因此研究motif有哪些binding区域是没有意义的，因为很难找到一个方法（阈值）来判断真正的比对和随机的比对 ...
原文：Cistrome数据库挖掘转录因子靶基因 | TF | target
进入http: cistrome.org db 数据库 输入你感兴趣的转录因子，比如HDAC 选择物种，以及你感兴趣的cell type 点击可以查询 check a putative target 也可以下载全部的 Putative Target 最后个性化绘图 总结： 适合辅助分析，提供额外的fancy的证据，还是有一定的power的。 绘图代码： library ggplot library ...
2021-03-31 20:26 0 260 推荐指数：
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