原文:如何从vcf文件中批量提取一系列基因的SNP位点?

目录 需求 示例文件 代码实现 补充说明 需求 客户的一个简单需求: 我有一批功能基因位点,想从重测序的群体材料中找到这些位点,如何批量快速获得 示例文件 gene.txt test.vcf 代码实现 run.sh 运行sh run.sh gene.txt test.vcf,或sh run.sh gene.txt test.vcf.gz 生成结果: 补充说明 以上代码中利用了vcftools工具 ...

2021-03-13 23:04 0 1430 推荐指数:

查看详情

bcftools 提取vcfsnp/indel)文件子集

做群体变异检测后,通常会有提取子集的操作,之前没有发现bcftools有这个功能,都是自己写脚本操作,数据量一上来,速度真的是让人无语凝噎。这里记录下提取vcf文件的用法,软件版本:bcftools-1.5 一、根据个体提取子集 根据样品名提取vcf文件,准备要保留的个体名文件 ...

Thu Nov 28 05:24:00 CST 2019 0 989
寻找与疾病相关的SNP——R语言从SNPedia批量提取搜索数据

   SNP是单核苷酸多态性,人的基因是相似的,有些上存在差异,这种某个位的核苷酸差异就做单核苷酸多态性,它影响着生物的性状,影响着对某些疾病的易感性。SNPedia是一个SNP调査百科,它引用各种已经发布的文章,或者数据库信息对SNP进行描述,共享着人类基因组变异的信息。我们可以搜索 ...

Thu Mar 09 02:30:00 CST 2017 7 3417
【算法】从字符串删除一系列字符

问题背景 假设我们有以下的测试程序: 这就是说,要我们实现一个给 string 类扩展一个 RemoveCharOf 方法,用以移除指定字符串所有出现在 chars 参数的字符。这个扩展方法除了上例中用于获得一个合法的文件名外,还可以有其他的用途。比如我最近一个项目中要把给定 ...

Mon May 07 03:30:00 CST 2012 7 3979
最近浏览器为webapp带来的一系列

虽然说最近,有的提案其实2010年就存在了。基本上是firefox, webkit在推动。主要如下: calc: css3的函数,现在只有opera不支持。只要用于混合单位的计算,不能你手动转换。这 ...

Thu Jan 31 06:29:00 CST 2013 0 3015
 
粤ICP备18138465号  © 2018-2025 CODEPRJ.COM