计算生物学,生物信息学,计算生物信息学 杂志 期刊 BMC BioinformaticsBMC Genomics BMC System Biology BMC subs BRIEFINGS ...
rsid common SNP的ID,一般以rs开头,其实完全可以用坐标代替,那样可读性就很差了。 https: www.ncbi.nlm.nih.gov snp https: www.ncbi.nlm.nih.gov snp rs 案例 我们来看看一个SNP有哪些基本信息 Position,最基本的,染色体,坐标,可见一个SNP就是一个基因组site annotation:取决于它落到了哪一个区 ...
2021-03-10 15:05 0 574 推荐指数:
计算生物学,生物信息学,计算生物信息学 杂志 期刊 BMC BioinformaticsBMC Genomics BMC System Biology BMC subs BRIEFINGS ...
众多不同的数据库所采用的对 Gene 和 Protein 编号的 ID 也是不同的, 所以在使用不同数据库数据的时候需要进行 ID 转换. 常用数据库 ID ID 示例 ID 来源 ...
NCBI的gene id, ENTREZID 与Ensembl Gene ID 互相转换网站:https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/db/db2db.php 还有另外一个单向 ensemble 转NCBI的:https ...
索引 1.统计fasta、fa和fastq文件的长度,统计fastq的reads个数,单个reads长度,reads总长度;统计fasta文件中contig的个数,列出名称,单条的长度,以及总长 ...
注:这几个名词是RNA-Seq数据分析中的基础,在此小结一下。 在RNA-Seq的分析中,对基因或转录本的read counts数目进行标准化(normalization)是一个极其重要的步骤 ...
如果转载,请注明出处。 GSEA、David与KEGG、GO数据库的区别: 1.KEGG数据库、GO数据库是知识库。它们记录了通路、生物学过程等的信息。 2.GSEA、David是做富集分析的数据库。它们使用KEGG、GO数据库中的信息,再结合你输入的基因列表,对输入基因列表进行富集 ...
生物信息分析中会用到很多的比对软件,比较常用的有bowtie、bowtie2、bwa等,比对文件的标准格式是sam格式,但是bowtie比对默认输出的格式却不是sam格式,由于bowtie适用于短序列比对,并且看突变碱基比较方便,因此它的默认输出格式还是有一定优势的,下面就来说明一下 ...
数据库 ANNOVAR: functional annotation of genetic variants from high-throughput sequencing data. 基因组变异数 ...