原文:生物信息ID大全 | rsid | Ensembl | HGNC | Entrez | Refseq | Uniprot | OMIM

rsid common SNP的ID,一般以rs开头,其实完全可以用坐标代替,那样可读性就很差了。 https: www.ncbi.nlm.nih.gov snp https: www.ncbi.nlm.nih.gov snp rs 案例 我们来看看一个SNP有哪些基本信息 Position,最基本的,染色体,坐标,可见一个SNP就是一个基因组site annotation:取决于它落到了哪一个区 ...

2021-03-10 15:05 0 574 推荐指数:

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生物信息类期刊全集大全

计算生物学,生物信息学,计算生物信息学 杂志 期刊 BMC BioinformaticsBMC Genomics BMC System Biology BMC subs BRIEFINGS ...

Fri Oct 25 17:00:00 CST 2019 0 1025
常用生物信息 ID 及转换方法

众多不同的数据库所采用的对 Gene 和 Protein 编号的 ID 也是不同的, 所以在使用不同数据库数据的时候需要进行 ID 转换. 常用数据库 ID ID 示例 ID 来源 ...

Fri Jul 12 00:46:00 CST 2019 0 2731
生物信息 perl 脚本实战

索引 1.统计fasta、fa和fastq文件的长度,统计fastq的reads个数,单个reads长度,reads总长度;统计fasta文件中contig的个数,列出名称,单条的长度,以及总长 ...

Fri Aug 12 00:17:00 CST 2016 0 3716
生物信息】RPKM, FPKM和TPM

注:这几个名词是RNA-Seq数据分析中的基础,在此小结一下。 在RNA-Seq的分析中,对基因或转录本的read counts数目进行标准化(normalization)是一个极其重要的步骤 ...

Mon Jul 06 23:38:00 CST 2020 0 6012
gene ID转换(gene ID转为protein ID) pathway注释 string数据库的方法 UniProt

如果转载,请注明出处。 GSEA、David与KEGG、GO数据库的区别: 1.KEGG数据库、GO数据库是知识库。它们记录了通路、生物学过程等的信息。 2.GSEA、David是做富集分析的数据库。它们使用KEGG、GO数据库中的信息,再结合你输入的基因列表,对输入基因列表进行富集 ...

Sat Oct 19 15:46:00 CST 2019 0 1072
生物信息bowtie比对软件的结果格式说明

生物信息分析中会用到很多的比对软件,比较常用的有bowtie、bowtie2、bwa等,比对文件的标准格式是sam格式,但是bowtie比对默认输出的格式却不是sam格式,由于bowtie适用于短序列比对,并且看突变碱基比较方便,因此它的默认输出格式还是有一定优势的,下面就来说明一下 ...

Fri May 10 21:12:00 CST 2019 0 580
生物信息常用数据库集锦

数据库 ANNOVAR: functional annotation of genetic variants from high-throughput sequencing data. 基因组变异数 ...

Mon Feb 13 20:56:00 CST 2017 0 4764
 
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