原文:R语言——limma包进行多组差异表达分析

目录 . 加载表达矩阵 . 创建样本分类表 . 加载limma包,构建如下矩阵 . 规定哪一组数据与哪一组数据比较 . 获取差异表达数据 . 导出差异表达数据 . 加载表达矩阵 . 创建样本分类表 获得类似的group列表 . 加载limma包,构建如下矩阵 . 规定哪一组数据与哪一组数据比较 . 获取差异表达数据 . 导出差异表达数据 ...

2021-03-06 23:50 0 1681 推荐指数:

查看详情

用“limma进行差异表达分析

1.概述 矩阵 函数 表达矩阵 lmFit 分组矩阵 eBayes 差异比较矩阵 topTable 2.读取表达矩阵: 得到表达 ...

Mon Mar 09 22:45:00 CST 2020 0 697
limma package计算差异表达

test.txt:文件格式: gene TCGA-3M-AB46-01A-11R-A414-31 TCGA-3M-AB47-01A-22R-A414-31 TCGA-B7-A5TK-01A-12R ...

Fri Mar 17 17:35:00 CST 2017 0 2025
简单使用limma差异分析

简单使用limma差异分析 Posted: 五月 12, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments 首先需要说明的是,limma是一个非常全面的用于分析芯片以及RNA-Seq的差异分析,按照其文章所说: limma ...

Sat Nov 10 05:34:00 CST 2018 0 713
R和BioConductor进行基因芯片数据分析(六):差异表达基因

接前一篇: 用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(五):芯片间归一化 经过一系列的预处理,包括缺失值填充,中位数计算以及归一化,我们的数据终于可以用啦。 下面我们就来分析一下new population和old population的个体是否有差异表达基因。 判断一个基因是否 ...

Thu Dec 06 01:25:00 CST 2012 0 7165
多组分析及可视化R

最近打算开始写一个多组学(包括宏基因组/16S/转录组/蛋白组/代谢组)关联分析R,避免重复造轮子,在开始之前随便在网上调研了下目前已有的R包工具,部分罗列如下: 1. mixOmics 应该是在多组学领域知名度最高的一个R,有专门的团队,做了十余年了,引用量也比较高。 官网:http ...

Mon Mar 30 21:01:00 CST 2020 0 4263
R 中同步进行多组比较的:npmc

方差检验可以评估组间的差异。依据检验的结果,虽然你可以拒绝不存在差异的原假设,但方差检验并没有告诉你哪些组显著地与其他组有不同。Robert 在 《R in Action》一书中推荐了一个-npmc: 该提供了一种非参数多组比较程序。在控制犯第一类错误的概率(发现一个事实上并不存在的差异的概率 ...

Sun Jul 26 05:20:00 CST 2015 11 2544
 
粤ICP备18138465号  © 2018-2025 CODEPRJ.COM