1.概述 矩阵 函数 表达矩阵 lmFit 分组矩阵 eBayes 差异比较矩阵 topTable 2.读取表达矩阵: 得到表达 ...
目录 . 加载表达矩阵 . 创建样本分类表 . 加载limma包,构建如下矩阵 . 规定哪一组数据与哪一组数据比较 . 获取差异表达数据 . 导出差异表达数据 . 加载表达矩阵 . 创建样本分类表 获得类似的group列表 . 加载limma包,构建如下矩阵 . 规定哪一组数据与哪一组数据比较 . 获取差异表达数据 . 导出差异表达数据 ...
2021-03-06 23:50 0 1681 推荐指数:
1.概述 矩阵 函数 表达矩阵 lmFit 分组矩阵 eBayes 差异比较矩阵 topTable 2.读取表达矩阵: 得到表达 ...
test.txt:文件格式: gene TCGA-3M-AB46-01A-11R-A414-31 TCGA-3M-AB47-01A-22R-A414-31 TCGA-B7-A5TK-01A-12R ...
差异计算对应生信分析非常重要 limma,genefilter 包计算差异,数据一定要转log, 因为 这两个包计算差异使用的方法是 mean(As)-mean(Bs) , 也计算是 logAmean-logBmean = log(Amean/Bmean) 这也 ...
简单使用limma做差异分析 Posted: 五月 12, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments 首先需要说明的是,limma是一个非常全面的用于分析芯片以及RNA-Seq的差异分析,按照其文章所说: limma ...
接前一篇: 用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(五):芯片间归一化 经过一系列的预处理,包括缺失值填充,中位数计算以及归一化,我们的数据终于可以用啦。 下面我们就来分析一下new population和old population的个体是否有差异表达基因。 判断一个基因是否 ...
最近打算开始写一个多组学(包括宏基因组/16S/转录组/蛋白组/代谢组)关联分析的R包,避免重复造轮子,在开始之前随便在网上调研了下目前已有的R包工具,部分罗列如下: 1. mixOmics 应该是在多组学领域知名度最高的一个R包,有专门的团队,做了十余年了,引用量也比较高。 官网:http ...
方差检验可以评估组间的差异。依据检验的结果,虽然你可以拒绝不存在差异的原假设,但方差检验并没有告诉你哪些组显著地与其他组有不同。Robert 在 《R in Action》一书中推荐了一个包-npmc: 该包提供了一种非参数多组比较程序。在控制犯第一类错误的概率(发现一个事实上并不存在的差异的概率 ...
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