原文:系统发育树邻接法(NJ)和非加权组平均法(UPGMA)之比较

目录 .原理的区别 .实操比较 UPGMA NJ法 保存树文件 更深理解 .原理的区别 主要区别在于,非加权组平均法 UPGMA 是基于平均链接方法的聚集层次聚类方法,而邻接法 NJ 是基于最小演化准则的迭代聚类法。 UPGMA的假定条件是:在进化过程中,每一世系发生趋异的次数相同,即核苷酸或氨基酸的替换速率是均等且恒定的。 UPGMA生成有根树,而NJ生成无根树。由于UPGMA方法假定演化速率 ...

2021-03-05 18:08 0 1880 推荐指数:

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系统发育处理

PAUP PAUP(简约法和其他方法的亲缘分析)是由简约法、最大似然和距离用于亲缘分析的程序,为系统发育分析提供一个简单的,带有菜单界面的,与平台无关的,拥有多种功能(包括进化图)的程序。 WINIPAUP 1.0 ...

Sun Oct 06 05:14:00 CST 2019 0 429
系统发育理论基础

地位,使得进化生物学发生了一场革命性的变革。 其中共同祖先学说是构建系统发育的理论基础(p ...

Sun Jul 16 04:32:00 CST 2017 0 5132
系统发育(进化)绘制小结

目录 1.分析软件 2.进化美化和注释 2.1 iTOL美化 2.2 ggtree 1.分析软件 很多很多软件,最常用的有: MEGA PHYLIP 构建进化一般的步骤是:序列比对,构(距离,独立元素 ...

Tue Oct 27 03:57:00 CST 2020 0 2325
系统发育构建算法和软件

文章转载于 Original 2017-07-08 Berlin 生信百科 (1)距离 对于UPGMA现在已经很少见了,我只有在处理SSR数据的时候分析过一次,ME的方法不适用于物种数目较多的时候,计算时间较长。因此在这里以邻接法NJ(Neighbor-Joining ...

Sun Jul 16 04:48:00 CST 2017 0 5482
基于序列比对的系统发育分析

1、简介: 进化生物学是指研究不同生物在一段时期中的改变,其目的是提供理论,进而解释生物多样性的过程和机制。与证据充足的生物学相比,支持进化生物学的确凿证据并不多,往往只能通过 ...

Fri Oct 19 21:09:00 CST 2018 0 2616
指数加权移动平均(EWMA)

1. 概述 加权移动平均,是对观察值分别给予不同的权数,按不同的权数求得移动平均值。并以最后的移动平均值为基础,确定预测值的方法。采用加权移动平均,是因为观察期的近期观察值对预测有较大影响,它更能反映近期变化的趋势。 指数加权移动平均(Exponentially Weighted ...

Thu Jul 01 21:28:00 CST 2021 0 288
指数加权移动平均(EWMA)

** 本文内容来自于吴恩达深度学习公开课 1、概述   加权移动平均,是对观察值分别给予不同的权数,按不同权数求得移动平均值,并以最后的移动平均值为基础,确定预测值的方法。采用加权移动平均,是因为观察期的近期观察值对预测值有较大影响,它更能反映近期变化的趋势。   指数移动加权平均 ...

Wed Sep 26 17:56:00 CST 2018 0 21917
光流与直接法

一、LK 光流 1.1 光流文献综述 我们课上演示了 Lucas-Kanade 稀疏光流,用 OpenCV 函数实现了光流追踪特征点。实际上,光流 有很长时间的研究历史,直到现在人们还在尝试用 Deep learning 等方法对光流进行改进 [1, 2]。本题将 指导你完成 ...

Mon Mar 01 01:00:00 CST 2021 0 474
 
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