原文链接:http://tecdat.cn/?p=23891 原文出处:拓端数据部落公众号 可以使用环状图形展示基因数据比较。可以添加多种图展信息,如热图、散点图等。 本文目标: 可视化基因组数据 制作环形热图 环形热图很漂亮。可以通过R来实现环形热图。 首先,让我们生成 ...
年 月 日 更新 给每个exon编排序号,方便管理 cat gencode.v .annotation.gtf grep ENSG cut f grep exon sort k uniq less S 更新:又用了一段时间,发现是真的好用,可惜就是服务器上装不上,只能在Mac上用了。 核心代码很少: library ggbio hg library EnsDb.Hsapiens.v ensdb ...
2021-03-05 17:57 0 301 推荐指数:
原文链接:http://tecdat.cn/?p=23891 原文出处:拓端数据部落公众号 可以使用环状图形展示基因数据比较。可以添加多种图展信息,如热图、散点图等。 本文目标: 可视化基因组数据 制作环形热图 环形热图很漂亮。可以通过R来实现环形热图。 首先,让我们生成 ...
首先在这里先感谢我们【Bio生信学习交流群】的群友和创建此群的群主【陈博士后】。 今天解决的问题是怎么查看自己的基因组数据是哪个Genome Reference Versions。 步骤: 第一步,打开你的基因组数据bim文件(Plink格式),随便找一个 ...
上一篇说了qplot函数,现在说一下ggplot函数 本身不能实现,需要添加层才可以。ggplot2的核心函数 ...
基因组里的小写字母的序列就是soft masking,也就是被标记的重复序列。 怎么把重复序列提取出来,保存为bed文件? 参考:Uppercase vs lowercase letters in reference genome ...
绘制出主要用于基因组序列的可视化(绘制基因组圈图),至少目前我是用来干这个事情的。现在circos也被其 ...
,分为三个部分,此篇为Part1,推荐学习一些基础知识后阅读~ Part 1: Introduction to ggplot2, 覆盖构建简单图表并进行修饰的基础知识 Part 2: Customizing the Look and Feel, 更高级的自定义图形 ...
。 > library(ggplot2) > mpg2 <- subset(mpg ...
1 安装 # 获取ggplot2 最容易的就是下载整个tidyverse: install.packages("tidyverse") # 也可以选择只下载ggplot2: install.packages("ggplot2") # 或者下载GitHub上的开发者版本 ...