从NCBI下载数据本来是一件很简单的事情,但是今天碰到几个坑: 1、paper里没有提供SRA数据号、也没有提供路径; 2、不知道文件在ftp的地址,不能直接用wget下载 所以通过在NCBI官网,直接在SRA搜索栏里: 输入paper的title关键词NIFTY BGI ...
下了一些sra数据库中的公共数据,因为pretech和aspera不稳定,稍微大点的文件经常传断,部分文件我只能通过本地下载再上传。 那么问题来了,sra没有md 校验,我怎么知道我数据的完整性,尤其是通过本地下载的那些数据 网上查了下是说,sra是自带md 校验的 The SRA archive format vdb contains an md checksum as well as a fe ...
2021-03-05 11:15 0 358 推荐指数:
从NCBI下载数据本来是一件很简单的事情,但是今天碰到几个坑: 1、paper里没有提供SRA数据号、也没有提供路径; 2、不知道文件在ftp的地址,不能直接用wget下载 所以通过在NCBI官网,直接在SRA搜索栏里: 输入paper的title关键词NIFTY BGI ...
今天要上NCBI下载sra数据发现没有下载的链接,网上查发现都是老的方法,NCBI页面已经变更,于是看了NCBI的help,并且记录下来新版的sra数据下载方法,要用NCBI的工具SRA Toolkit。另外咨询师兄,总结得到新的wget下载的方法。 方法1 NCBI告知的方法(中断不能继续 ...
简介 SRA数据库是美国国立卫生研究院(NIH)的高通量测序数据的主要归档,是国际核苷酸序列数据库协作(INSDC)的一部分,其中包括NCBI序列读取存档(SRA),欧洲生物信息学研究所(EBI)和DNA数据库 日本(DDBJ)。 提交给三个组织中的任何一个的数据都是共享的。 SRA ...
/48272598_749456477.shtml 我的下载的数据在/home/username/ncbi/public/s ...
1. 什么是MD5 MD5消息摘要算法(英语:MD5 Message-Digest Algorithm),一种被广泛使用的密码散列函数,可以产生出一个128位(16字节)的散列值(hash value),用于确保信息传输完整一致。MD5由美国密码学家罗纳德·李维斯特(Ronald ...
MD5简介 原理略,只需要知道它是对一段信息产生128位的hash值,且不可逆。 因此不难想到它的一些应用: 1)密码管理 当我们需要保存某些密码信息以用于身份确认时,如果直接将密码信息以明码方式保存在数据库中,不使用任何保密措施,系统管理员就很容易能得到原来的密码信息,这些信息一旦泄露 ...
每份相同数据(文件夹)都可以生成一份唯一的md5校验文件,我们可以通过直接校验整个数据文件夹的方法来确定数据是否有误。 1.针对整个文件夹生成md5校验文件方法: 以data文件夹为例,我们需要得到data整个文件夹中的文件的md5校验值,我们通过shell程序对整个data文件夹中 ...
Windows系统下对文件进行MD5校验的方法 方法一:使用Windows自带的certutil工具 打开cmd,进入到文件所在目录,输入certutil -hashfile XXX MD5,XXX为文件名,即可得到文件的MD5。 以在C:\APP\目录下的test.zip文件为例,输入cd ...