前篇：EZH2 | Ezh2 | 组蛋白甲基化酶/组蛋白甲基转移酶 | 关键调控因子 类似Ezh2，都是比较火爆的核心调控因子，与多种疾病和通路有关，可以搜到很多文章都围绕它来讲故事。 目的：鉴定出HDAC1激活和抑制的靶基因。 老套路： HDAC1上调，则其激活 ...

以Ezh2为例，彻底搞明白一个调控因子regulator的调控原理。 这个是一个非常典型的调控因子，广泛涉及了epigenome, regulatome and transcriptome，这里还会加入miRNA，一旦把这个搞清楚了将会受益无穷。 Polycomb-group ...

前言 做RNA-seq基因表达数据分析挖掘，我们感兴趣的其实是“基因互作”，哪些基因影响了我们这个基因G，我们的基因G又会去影响哪些基因，从而得到基因调控的机制。 直觉确实是很明确的，但是细节处却有很多问题。 我们讨论的到底是基因表达的互作，还是基因产物的互作 ...

出第二信使学说； 1994，发现G蛋白及其在细胞信号转导中的调控作用； 1992，发现蛋白质磷酸化与 ...

蛋白截断变异（protein-truncating variant，PTV）通过引入终止密码子，移码突变或剪接位点，破坏蛋白编码基因[1]。蛋白截断变异的研究对于人类进化（human evolution），基因功能（gene function），疾病相关变异（disease-related ...

igraph语法简单，画图快速。 Cytoscape专业，个性定制。 最终效果图： 当然也可以用Cytoscape来画。 参考：Network visualiza ...

类似篇：转录因子motif TSS区域富集分析 | motif enrichment | HOMER | FIMO | MEME 一个新的领域，现在我关注的是可变剪切调控因子，如PTBP1，它们有特定的RNA结合motif，类似TF。 相同点： 都是蛋白质的序列结合区域 ...

功能内聚：完成一个单一功能，各个部分协同工作，缺一不可。 顺序内聚：处理元素相关，而且必须顺序执行。 通信内聚：所有处理元素集中在一个数据结构的区域上。 过程内聚：处理元素相关，而且必须按特定的次序执行。 瞬时内聚：所包含的任务必须在同一时间间隔内执行（如初始化模块）。 逻辑 ...