转录组差异表达分析小实战（二）
转录组差异表达分析小实战（二） Posted: 八月 14, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments 差异基因表达分析 我按照前面的流程转录组差异表达分析小实战（一），将小鼠的4个样本又重新跑了一遍，从而获得一个新 ...
原文：使用RSEM进行转录组测序的差异表达分析
仍然是两年前的笔记 . prepare reference 如果用RSEM对比对后的bam进行转录本定量，则在比对过程中要确保比对用到的索引是由rsem prepare reference产生的。 可以看到，单纯用bowtie 建的索引和rsem调用bowtie 建的索引是不一样的。 . calculate expression 用法分为两类，分别是从fa fq得到表达矩阵，和从sam bam得 ...
2021-02-21 16:49 0 983 推荐指数：
相关推荐
转录组差异表达分析工具Ballgown
Ballgown是分析转录组差异表达的R包。 软件安装： 运行R， source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”) biocLite(“ballgown”) R会自动安装Ballgown，及相应的依赖包。 Ballgown的输入文件 ...
转录组差异表达分析小实战（一）
转录组差异表达分析小实战（一） Posted: 七月 28, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments 读文献获取数据 文献名称：AKAP95 regulates splicing through ...
表达谱(DGE)测序与转录组测序的差别
组都可以分析所有基因的表达丰度，并且比较组间基因表达差异； #4 转录组还可以分析SNP、RNA ed ...
【转录组入门】7：差异基因分析
作业要求： 使用R语言，载入表达矩阵，然后设置好分组信息，统一用DEseq2进行差异分析，当然也可以走走edgeR或者limma的voom流程。 基本任务是得到差异分析结果，进阶任务是比较多个差异分析结果的异同点。 【1】安装DESeq2 DESeq2对于输入数据 ...
rsem对转录本进行定量
最近在研究转录本，现在在下载数据，想起来自己有一个博客，就暂且来这里更新一下内容。 要想对转录本进行定量，首先需要下载它的转录组数据，将别人上传的SRR文件的名字整理在wheat.txt中，引用 下载后通过sratoolkits将sra数据转化成fq格式 --split-3将sra ...
【转录组】使用hisat2+stringtie组合进行转录组定量分析
转载于：https://www.ivistang.com/articles/312 准备软件和数据 安装miniconda wget -c https://repo.ana ...
【4】肿瘤转录组测序分析流程及相关软件
目录 基于二代测序的RNA癌症研究方法 基于长读长测序的转录本结构研究 单细胞RNA-seq的癌症应用 基于二代测序的RNA癌症研究方法 基于DNA层面的癌症研究：一本字典 基于RNA的癌症研究：从字典种挑取写一篇日记 RNA特点 ...