主要参考这篇文章: http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA5NjU5NjQ4MA==&mid=2651154488&idx=1&sn=e693 ...
目录 .Conda连接不上镜像源问题 . aspera不能再独立使用 .使用prefetch搭配aspera . prefetch下载方法 记录下下载过程,为自己和后人避坑。 .Conda连接不上镜像源问题 首先是anaconda安装软件或创建环境时遇到的问题。即使换完清华源和其他镜像源以后依旧报错。 尝试了很多方法:换源,删除.condarc中的default等,都不行。最后尝试了镜像源中,将 ...
2021-02-03 14:14 0 1186 推荐指数:
主要参考这篇文章: http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA5NjU5NjQ4MA==&mid=2651154488&idx=1&sn=e693 ...
简介 SRA数据库是美国国立卫生研究院(NIH)的高通量测序数据的主要归档,是国际核苷酸序列数据库协作(INSDC)的一部分,其中包括NCBI序列读取存档(SRA),欧洲生物信息学研究所(EBI)和DNA数据库 日本(DDBJ)。 提交给三个组织中的任何一个的数据都是共享的。 SRA ...
从NCBI下载数据本来是一件很简单的事情,但是今天碰到几个坑: 1、paper里没有提供SRA数据号、也没有提供路径; 2、不知道文件在ftp的地址,不能直接用wget下载 所以通过在NCBI官网,直接在SRA搜索栏里: 输入paper的title关键词NIFTY BGI ...
/48272598_749456477.shtml 我的下载的数据在/home/username/ncbi/public/s ...
今天要上NCBI下载sra数据发现没有下载的链接,网上查发现都是老的方法,NCBI页面已经变更,于是看了NCBI的help,并且记录下来新版的sra数据下载方法,要用NCBI的工具SRA Toolkit。另外咨询师兄,总结得到新的wget下载的方法。 方法1 NCBI告知的方法(中断不能继续 ...
一、官方下载工具Sratoolkit安装 推荐使用conda直接安装,避免配置环境的麻烦,但sratoolkit在conda镜像中的包名为sra-tools 二、SRA文件下载地址获取 1.NCBI GEO数据库下载地址 2.输入 ...
1. 简介 生物信息研究人员往往需要从NCBI/sra 或者EBI/ENA下载高通量的测序数据。而通过NCBI申请获得的数据往往需要通过Aspeara进行下载。 2. Aspeara 安装 $ wget http://d3gcli72yxqn2z.cloudfront.net ...
GEO数据库 GEO数据库隶属于NCBI,是最大最全面的基因表达数据库,主要是芯片和转录组测序数据。除储存数据外,也提供一些数据挖掘工具,因此利用好这个数据库,没有实验,没有自己的数据也能发好文章! https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo ...