原文:常见基因组功能数据介绍 | 表观注释 | DNase-seq | ChIP-Seq | ATAC-Seq | eQTL | ENCODE | ROADMAP

functional genomics epigenomic annotations 刚入行的总是一头雾水,对这些表观的标记一点兴趣都没有,种类繁多,总是记不住,这里我就做一个常识性的总结,不搞太多术语。 需要了解的也不多,常见的就那么几个,搞懂ENCODE和ROADMAP上有的就行。细节颇多,需要一点耐心。 各种类型的数据可以直接在这个genome browser里浏览:http: genome ...

2021-01-27 18:26 0 511 推荐指数:

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表观遗传、开放染色质测序、ATAC-seqChIP-seq简介

表观遗传   表观遗传的3个机制:DNA甲基化;组蛋白修饰;chromatin remodeling 开放染色质测序:   参考:https://zhuanlan.zhihu.com/p/49461012   研究目的:研究细胞的转录调控。   细胞的大部分时间处于 ...

Thu Jun 20 23:50:00 CST 2019 0 2376
ChIP-seq | ATAC-seq | RNA-seq | 数据分析流程

补充RNA-seq流程 以前都是自己搭RNA-seq流程,虽然可以完成任务,但是数据量一多,批次多起来,就非常难管理。 既然别人提供了这么好的流程,那就要用起来,管理起来不是一般的轻松。 ENCODE-DCC/rna-seq-pipeline 安装比较麻烦,没有针对local的一键安装 ...

Tue Dec 10 17:57:00 CST 2019 0 1272
ChIP-seq技术介绍|易基因

大家好,这里是专注表观学十余年,多组学科研服务领跑者的易基因。 染色质免疫沉淀后测序(ChIP seq)是一种针对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。由于二代测序技术的巨大进步,ChIP-seq比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围 ...

Thu Mar 24 23:50:00 CST 2022 0 829
ATAC-seq

ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing) 是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质可及性 ...

Sun Feb 23 02:57:00 CST 2020 0 908
ChIP-seq实战 | 染色质免疫共沉淀技术 | ATAC-seq | 染色质开放性测序技术

参考:生信技能树 ChIP-Seq综述 一些简单的copy,纯属个人笔记。 ChIP-seq的原理 用于在全基因组范围中研究DNA结合蛋白(相互反应)、组蛋白修饰(表观遗传标记)和核小体的技术,研究这三个主题可有助于了解基因之间的相互调控以及染色体的功能结构。 在生理状态下 ...

Mon Apr 23 21:41:00 CST 2018 0 3120
表观 | Enhancer | ChIP-seq | 转录因子 | 数据库专题

需要长期更新! 参考:生信修炼手册 enhancer的基本概念: 长度几十到几千bp,作用是提高靶基因活性,属于顺式作用原件,DNA作用到DNA,转录因子就是反式,是结合到DNA的蛋白。 1981年,Benerji发现SV40中某个140bp的序列可以显著提高血红蛋白融合基因的表达 ...

Thu May 23 08:11:00 CST 2019 0 1817
 
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