使用wtdbg利用三代数据进行基因组de novo组装
相较于其他三代四代数据组装软件（Canu（也可用于纠错），smartdenovo，miniasm，Flye，TULIP，FALCON，FALCON-unzip等） wtdbg有如下优点： 安装运行简单 (可用run_wtdbg_assembly.sh脚本生成运行脚本)，运行 ...
原文：二代数据组装叶绿体基因组
与核基因组相比，细胞器基因组相对来说，更为保守，并且序列较短，更加易于组装，仅仅根据二代测序reads即可进行组装。 下面简单介绍我在本项目中的方法，仅供参考。 数据 本次我使用的二代数据为 X。下机后，首先通过fastq对其进行过滤，改软件操作较为简单，仅仅使用 q 进行过滤，得到clean reads 叶绿体参考基因组 因为叶绿体基因组非常的保守，因此，我选择同科植物的叶绿体基因组。据文献记 ...
2021-01-25 13:09 0 540 推荐指数：
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项目数据： kongyu_131_PCRfree_.CCAAT_L006_R1_001.fastq.gz （100X）（19G） kongyu_131_PCRfree_.CCAAT_L006_R2_001.fastq.gz （100X）（20G ...
三代测序及基于三代数据的基因组组装流程评估
三代测序及基于三代数据的基因组组装流程评估 2018-04-04 12:13 名词解释 1D：ONT平台仅测一个DNA分子的一条链，测序通量比2D高但准确率低于2D序列。 2D：bi-directional reads即ONT平台测DNA分子的正负两链 ...
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一：利用pilon软件进行二代数据对三代数据polish 准备数据 ： 三代数据组装好的基因组文件：draft.fa illumina的双端测序数据经过质控之后的数据：read1_fq.gz read2_fq.gz 比对（bwa） 构建索引 ...
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# 估算测序深度、reads数目、N50等值（自写perl程序）： $ perl ~/TangerScript/fqStat -i sunset.raw.subreads.fastq -g 372m 统计结果如下： # 基因组组装三步走1. Correction 2. ...
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