用FastQC检查二代测序原始数据的质量 2013-01-28 21:28:10| 分类: Bioinformatics | 标签:bioinformatics deep-seq |举报 |字号大中小 订阅 ...
FastQC FastQC 是一个基于Java写的测序数据质量评估软件。因为是用跨平台的语言Java写的,自然而然FastQC应是可以在不同系统运行的了。不过也许大多时候我们还是在Linux服务器上用的多吧。 安装 安装软件,方便的还是通过conda了,一行命令: 当然这需要你已经安装了anaconda的前提下。 若没有的安装anaconda的话,可以选择安装anaconda 这更方便点 或者用使 ...
2021-01-24 19:06 0 580 推荐指数:
用FastQC检查二代测序原始数据的质量 2013-01-28 21:28:10| 分类: Bioinformatics | 标签:bioinformatics deep-seq |举报 |字号大中小 订阅 ...
1、下载fastqc wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip 2、解压 unzip fastqc ...
1.fastqc是在Java环境下运行的;所以在安装fastqc之前,Linux下要有相应的Java运行环境(JRE).且java的版本应该在1.8.0版以上 2.java的安装:下载最新版本的Java,注意要下载带有JRE的版本。 3.解压:tar -zxvf java.tar.gz ...
安装 FastQC FastQC 下载 解压 设置权限 加入到 PATH 测试 应该能看到帮助信息,说明已经安装成功 ...
REF https://www.plob.org/article/5987.html 解压后,查看html格式的结果报告。结果分为如下几项: 结果分为绿色的"PASS",黄色的"WARN"和 ...
文章转载于 Original 2017-07-06 Jolvii 生信百科 介绍一下如何理解 FastQC 各模块的结果 FastQC 的使用 FastQC的安装介绍请看这里。FastQC 支持 fastq、gzip 压缩的 fastq、SAM、BAM 等格式,在不指定文件 ...
先用conda安装 很顺利 输入 结果 可是输入 这个网上说没有图形界面 可以这样 或者 都可以 ...
通常我们下机得到的数据是raw reads,但是公司通常会质控一份给我们,所以到很多人手上就是clean data了。我们再次使用fastqc来进行测序数据质量查看以及结果分析。 fastqc的操作: 1. FastQC使用 fastqc -f [bam | sam | fastq ...