单细胞转录组确实是利器,但我们大多只利用了表达的信息,而从reads到表达之间的信息完全被我们忽略了。 最近nature发了一篇单细胞方法类文章,讲得就是如何利用RNA velocity来做细胞发育路径的推断。 velocyto velocyto-notebooks RNA ...
一个比原版更好用的RNA velocity分析工具:velocyto GitHub:https: github.com velocyto team velocyto.R readthedoc:http: velocyto.org velocyto.py index.html 历史分析参考: project scRNA seq velocyto for smart seq data project ...
2021-01-12 16:57 0 1659 推荐指数:
单细胞转录组确实是利器,但我们大多只利用了表达的信息,而从reads到表达之间的信息完全被我们忽略了。 最近nature发了一篇单细胞方法类文章,讲得就是如何利用RNA velocity来做细胞发育路径的推断。 velocyto velocyto-notebooks RNA ...
单细胞测序 RNA velocity | RNA速率 RNA velocity:the time derivative of the gene expression state—can be directly estimated by distinguishing between ...
什么是RNA-Seq (RNA Sequencing) 2011-07-14 ~ ADMIN 随着ome为词尾的各种组学的出现,转录组学已经成为了人们了解生物信息的一个重要组成部分。人们使用了许多办法来掌握转录组的情况,主要分为两类,一类是基于杂交,一类是基于下一代测序技术 ...
基本问题: RNA的起源、定位和意义 明确RNA的各种概念分类 各种RNA的基本结构和功能 意义 有一种学说:RNA是生命的起源。 先有鸡(DNA)还是先有蛋(蛋白质),好像都不太可能,那有没有可能先有RNA?桥接了DNA和蛋白质,RNA本身也是一种酶 ...
在提取生物总RNA的过程中,被提取的RNA主要包含三类——rRNA,tRNA,和mRNA。 无论是在真核生物细胞中还是在原核生物细胞中,80%-85%的RNA都是rRNA,即核糖体RNA,是组成核糖体的主要成分。 原核生物的核糖体所含的rRNA有5S rRNA、16S rRNA、23S ...
简单理解RNA-seq 刘小泽 已关注 2018.10.17 23:51* 字数 1518 阅读 46评论 0喜欢 3 今天就当一个小故事看吧,看了statQuest,感觉讲的很棒,于是分享给大家原版视频后台回复 ...
ERCC的调研 在RNA-seq数据分析中,为了比较不同样本、不同基因之间的表达差异,通常会对数据进行标准化转化,得到RPKM/FPKM/TPM等指标。但是这些指标都是相对定量,相对定量有两个前提:1是绝大多数的gene表达量不变;2是高表达量的gene表达量不发生改变。 可是在一些比较特殊 ...
为什么必须了解建库技术? 转录组有哪些分类? 有哪些常见的RNA-seq建库技术?各有什么特点 活体真核细胞里有哪些RNA,各自有什么功能,占比多少? PCR对RNA-seq的影响?PCR free是什么意思? 为什么RNA-seq总有一部分reads无法比对到转录组? RNA ...