HISAT2,StringTie,Ballgown处理转录组数据 本文总阅读量次2017-05-26 HISAT2,StringTie,Ballgown处理转录组数据思路如下: 数据质控 将RNA-seq的测序reads使用hisat2比对 samtools ...
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转录组分析---Hisat2+StringTie+Ballgown使用 (2016-10-10 08:14:45) 转载▼ 标签: 生物信息学 转录组 1.Hisat2建立 ...
仍然是两年前的笔记 1. prepare-reference 如果用RSEM对比对后的bam进行转录本定量,则在比对过程中要确保比对用到的索引是由rsem-prepare-reference产生的。 可以看到,单纯用bowtie2建的索引和rsem调用bowtie2建的索引 ...
最近在研究转录本,现在在下载数据,想起来自己有一个博客,就暂且来这里更新一下内容。 要想对转录本进行定量,首先需要下载它的转录组数据,将别人上传的SRR文件的名字整理在wheat.txt中,引用 下载后通过sratoolkits将sra数据转化成fq格式 --split-3将sra ...
转录组紧紧围绕基因表达量和功能分析两部分,结合生物学问题来进行数据分析。 高表达基因已经研究比较透彻,应该更多关注中低表达基因。 层次聚类的妙用: -- 全部基因——>(差异分析)——>根据趋势挑选部分特异性基因——>功能分析; -- 功能大类聚类——> ...
作业要求: 使用R语言,载入表达矩阵,然后设置好分组信息,统一用DEseq2进行差异分析,当然也可以走走edgeR或者limma的voom流程。 基本任务是得到差异分析结果,进阶任务是比较多个差异分析结果的异同点。 【1】安装DESeq2 DESeq2对于输入数据 ...
转录组差异表达分析小实战(二) Posted: 八月 14, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments 差异基因表达分析 我按照前面的流程转录组差异表达分析小实战(一),将小鼠的4个样本又重新跑了一遍,从而获得一个新 ...
什么是CNV? copy number variation (CNV) A copy number variation (CNV) is when the number of copies of ...