单细胞测序 批次效应 batch effect
什么是批次效应？大型的单细胞测序项目一般都会产生许多细胞，这些样本制备过程很难保持时间一致、试剂一致，另外上机测序的时候也不一定在同一个测序仪上。 具体可以看这篇文章： https://www.nature.com/articles/nrg2825 Batch effects ...
原文：单细胞分析实录(6): 去除批次效应/整合数据
上一篇已经讲解了Seurat标准流程，推文的最后，注意到了不同样本之间的表达数据是存在批次效应的，就像下图这样，有些是可以聚到一起的亚群，却出现了不同样本分开 偏移的情况，比如第 群，这种就是批次效应： 接下来我会介绍Seurat v 的标准整合流程 Seurat结合Harmony 的整合流程，仍然使用上一个数据集 . Seurat v 的标准整合流程 对于不同样本先分别运行Seurat的标准流程 ...
2021-01-06 19:20 0 1793 推荐指数：
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