SNP 过滤（二）
本文转载于https://www.jianshu.com/p/e6d5dd774c6e SNP位点过滤 SNP过滤有两种情况，一种是仅根据位点质量信息（测序深度，回帖质量等）对SNP进行粗过滤。如果使用GATK对重测序结果进行SNP calling，那么可以考虑下面的标准 QD< ...
原文：Heterozygosis SNP 和 Homology SNP, SNP的二态性
纯合SNP和杂合SNP是SNP calling软件如GATK或者SAMtools根据测序深度 碱基质量值 比对质量值和基因型质量值等综合判断出来的纯合和杂合， 简单来说，纯合SNP可以认为该位点测到的所有reads只是一种碱基类型，杂合SNP为二种或二种以上的碱基类型，不排除特殊位置。 SNP一般为 个等位基因 理论上,SNP可以由 个等位基因组成,但实际上,在人类基因组中SNP一般为 个等位基 ...
2020-12-28 17:28 0 444 推荐指数：
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