homology策略预测基因结构,下载了公共mRNA/CDS序列,考虑用gmap比对。本来是个很简单的脚本,但总是不那么顺利。 无论是用conda安装,还是源码安装较新版本,都存在问题。 第一步建立索引都没问题。但比对时,没报错,出现如下: 结果是cds_gene.gff3除了表头 ...
本文为尝试性安装试验,预计耗时 分钟。 怕有什么不靠谱的,先不看别人的博客,直接看GitHub。 git clone https: github.com GMOD jbrowse.git 官网写得太明白了,似乎不需要我说什么了: https: jbrowse.org docs installation.html windows的安装路径如下。 https: jbrowse.org blog htt ...
2020-12-02 21:41 0 378 推荐指数:
homology策略预测基因结构,下载了公共mRNA/CDS序列,考虑用gmap比对。本来是个很简单的脚本,但总是不那么顺利。 无论是用conda安装,还是源码安装较新版本,都存在问题。 第一步建立索引都没问题。但比对时,没报错,出现如下: 结果是cds_gene.gff3除了表头 ...
基因组注释主要包括四个研究方向:重复序列的识别;非编码RNA的预测;基因结构预测和基因功能注释。我们将分别对这四个领域进行阐述。 1 重复序列的识别。 1.1 重复序列的研究背景和意义:重复序列可分为串联重复序列(Tendam repeat)和散在重复序列 ...
Reference Consortium Human Build 38),GRCh38 在UCSC基因组浏览器中还有个 ...
的选择 4)质控、基因组组装、质量评估 5)基因组注释 6)生物学分析 ...
MEGAN(Metagenome Analyzer)是宏基因组学进行物种和功能研究的常用软件,实际上现在的Diamond+MEGAN6已经是一套比较完整的物种和功能注释流程了。 但是由于各种原因,我们在流程中使用的并非最新版。不同版本的MEGAN使用方法差别较大,尤其在命令行模式下。网上 ...
本文默认读者有一定的生信基础,没有基础的可以阅读以前的笔记内容。 ============================================================ conda install perl-bioperl conda update conda ...
植物vs动物总结版: 简述高等植物基因组(可以以拟南芥和水稻基因组为例)与高等动物基因组(可以以人类、果蝇等基因组为例)在基因结构层面展示出来的基本差异。 高等植物基因组与高等动物基因组在基因结构上的基本差异主要是生命组学的第一困境,即复制-转录负载困境。 机制: 1.从平衡流 ...
有写过数据合并,踩不完的坑 下面直接讲一下怎么使用。 这个工具安装和使用都非常简单,老少皆懂。 第一 ...