用blast blastn进行短序列的搜索（比对）
blastn 多加上 -task blastn-short -word_size 7 -evalue 1 -task：设置比对模式，通常情况会有一个默认task，这里要设置为blastn-short -word_size：尽可能小，这里设为7 -evalue：类似于p值的一个指标，越小说明越 ...
原文：生信分析-windows-blast序列比对
这是一个尝试性的文章，能不能解决我要解决的问题，并不清楚。 本文利用NCBI的blast界面，实现将短序列比对上reference基因组，并实现变异位点可视化。 补言 比对常用的是NCBI网站，打开NCBI。 百度 谷歌直接搜索NCBI， 现在中国也在搭建和完善国家生物信息中心，一个是位于深圳的国家基因库，由BGI代运营，一个是北京的国家生物信息中心，由BIG开发和运营 。 核苷酸序列比对选默认的 ...
2020-12-02 18:28 0 487 推荐指数：
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20、BLAST比对及结果介绍
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比对软件Blast，Blast+，Diamond比较
1. Blast （1）格式化数据库 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要参数： -i 输入需要格式化的源数据库名称 -p 文件类型，是核苷酸序列数据库（F - nucleotide）/蛋白质序列数据库（T – protein ...
基于序列比对的系统发育分析
1、简介： 进化生物学是指研究不同生物在一段时期中的改变，其目的是提供理论，进而解释生物多样性的过程和机制。与证据充足的生物学相比，支持进化生物学的确凿证据并不多，往往只能通过 ...
多序列比对
文章转载于 Original 2017-07-11 liuhui 生信百科 多序列比对（或多序列联配，multiple sequence alignment，MSA），是指把多条（3 条或以上）有系统进化关系的蛋白质或核酸序列进行比对，尽可能地把相同的碱基或氨基酸残基排在同一 ...
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常用生信分析软件
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生信慕课-序列比较笔记
来自：中国大学mooc-山东大学 生物信息学 课程 1.什么是序列？ 序列就是字符串。 s就是一个序列。（原来序列是这么简单的，听着太高大上了） 蛋白质序列：由20个不同的字母（氨基酸）排列组合而成。 核酸序列：由4个不同的字母（碱基，ATCGU）排列组合而成，包括DNA序列和RNA ...