原文:Python:利用Entrez库筛选下载PubMed文献摘要

一个不是学生物的孩子来搞生物,当真是变成了一块废铁啊,但也是让我体会到了一把生物信息的力量。 废话不多说,开整 任务:快速高效从PubMed上下载满足条件的文献PMID 标题 TI 摘要 AB 。 PubMed官网 https: pubmed.ncbi.nlm.nih.gov 此处有几种选择可以达到目的: 官网上匹配筛选条件 注:匹配快速,但是下载下来的数量受到限制,每次只能下载 条数据,甚至更少 ...

2020-11-24 15:38 1 1228 推荐指数:

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Biopython中Entrez模块--从pubmed中查找相关文献, 所有返回的结果用Entrez.read()解析

Entrez是一个搜索引擎,国家生物技术信息中心(NCBI)网站集成了 几个健康科学的数据,如:如“科学文献,DNA和蛋白质序列数据, 蛋白质三维结构,蛋白质结构域的数据,表达数据,基因组完整拼接本等。 Entrez的编程工具”(eUtils):通过它把搜索的结果返回到自己编写的程序里面 ...

Sun Oct 20 18:23:00 CST 2019 0 357
[python爬虫] Selenium定向爬取PubMed生物医学摘要信息

本文主要是自己的在线代码笔记。在生物医学本体Ontology构建过程中,我使用Selenium定向爬取生物医学PubMed数据的内容。 PubMed是一个免费的搜寻引擎,提供生物医学方面的论文搜寻以及摘要。它的数据来源为MEDLINE(生物医学数据),其核心主题 ...

Fri Dec 18 11:00:00 CST 2015 4 3842
文献综述写作之“摘要

学长说:“摘要:目标检测概念引入+本文工作+算法验证评估后的结论" 摘要:简洁、具体的摘要要反映论文的实质性内容,展示论文内容足够的信息,体现论文的创新性,展现论文的重要梗概。 一般由具体研究的四要素组成: 对象 方法 结果 结论   对象——是论文研究、研制 ...

Thu Apr 20 00:09:00 CST 2017 0 2457
知网文献批量下载——python

知网文章批量下载 通过读取txt文档中的参考文献来实现批量下载文献 参考文献格式: 详细代码: 实现方式比较简单粗暴,同时程序运行时也存在一些小问题,如网页加载速度比程序运行慢时会出现文献下载重复 程序运行前要先登录可用的VPN或者连接校园网 ...

Tue Jun 16 04:25:00 CST 2020 0 1986
Python爬虫批量下载文献

最近在看NeurIPS的文章,但是一篇篇下载太繁琐,希望能快速批量下载下来。 于是想到了之前一直听说的python爬虫,初次学着弄一下。 参考了python爬虫入门教程:http://c.biancheng.net/view/2011.html ; 用到了requests ...

Wed Jun 30 17:55:00 CST 2021 0 509
如何利用Zotero去整理文献

目录 如何利用Zotero去整理文献 通过创建分类去区分论文的类别 通过条目自动下载论文 清空下载文件夹 如何解决Zotero中文支持不好的问题 解决方法 参考 如何利用 ...

Tue Sep 17 06:18:00 CST 2019 0 2945
 
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