比较基因组学中,共线性的分析的图无疑是最漂亮的。 共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件。 本文主要介绍的是唐老师的Python版McScan(jcvi工具包),这个包很强大,但是其功能在官网的说明并不详细,在众人的博客中也比较零散。 我刚使用这个包的时候(2017年)还很难安装,需要 ...
本来是不会再写这个文档的,但是由于长时间没有用这个模块,这个模块不知道是我自己弄掉了,还是别的同学误删了,于是我重新安装一下。 首先下载conda,并下载好python which pip 直接安装 注意: . 请下载conda 版本,本模块由python 支持 . home目录和电脑C盘一样,如果home空间有限,请安装在其他目录下 . 将python执行路劲写进bashrc 类似Windows ...
2020-11-03 18:22 0 1067 推荐指数:
比较基因组学中,共线性的分析的图无疑是最漂亮的。 共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件。 本文主要介绍的是唐老师的Python版McScan(jcvi工具包),这个包很强大,但是其功能在官网的说明并不详细,在众人的博客中也比较零散。 我刚使用这个包的时候(2017年)还很难安装,需要 ...
经过几轮调试和修改,共线性图终于可以上眼了。如下: 图中红色的为目标基因,蓝色的为reference species目标基因周围15个基因,天蓝色为再往外15个基因,黄色为与reference species存在的共线性,灰色为相邻物种间的共线性。 标注有物种信息,scaffold ...
目录 软件的安装 基因组的准备 一些细节 建议和示例 软件的安装 Python版McScan(jcvi工具包):https://github.com/tanghaibao/jcvi 以前只有python2,现在已有python3版本,建议用py3 ...
本文出处:https://www.pythonheidong.com/blog/article/891810/fca72fefb44eebb191e8/ 1.多重共线性概念 共线性问题指的是输入的自变量之间存在较高的线性相关度。共线性问题会导致回归模型的稳定性和准确性大大降低,另外,过多 ...
共线性又称同线性,是一个物种的基因组中相互连锁的基因,在另一物种的基因组中也是连锁关系, 而且在两个物种的遗传图上的位置也是相同的 。 ...
#===================================== 版本1 ================================== 链接地址:http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/ 作者: wyp 版本:Perl ...
软件简介 MCScanX工具集对MCScan算法进行了调整,用于检测共线性和同线性区域,还增加了可视化和下游分析。。MCscanX有三个核心工具,以及12个下游分析工具。 软件安装 进入官网http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/#tm,下载安装 ...
检验多重共线 如果发现存在多重共线性,可以采取以下处理方法。 (1)如果不关心具体的回归系数,而只关心整个方程预测被解释变量的能力,则通常可以不必理会多重共线性(假设你的整个方程是显著的)。这是因为,多重共线性的主要后果是使得对单个变量的贡献估计不准,但所有变量的整体效应仍可以较准确 ...