原文:GWAS summary数据中SNP的rsid匹配

SNP的rsid匹配 在处理 Nealelab 中的summary data sets时,发现数据缺失SNP对应rs号: 可以看到数据中只有variant变量,这里提供了解决方案:https: www.biostars.org p ,实践一下 Getting Started 首先下载对应的SNP注释信息 Common SNPs All SNPs: 在R中读取数据 下载了全部的数据以防万一,VCF数 ...

2020-10-18 20:33 0 518 推荐指数:

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GWAS的名称概念

基因: 基因型: 单倍型 二倍体: 等位基因: 杂合体: 纯合体: 同源染色体: 连锁不平衡: 基因分型: 次等位基因频率MAF: 参考:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/docs ...

Sat Jun 01 00:38:00 CST 2019 0 577
tensorflowsummary操作

tf tensorboard 工具通过读取在网络训练过程中保存到本地的日志文件实现数据可视化,日志数据保存主要用到 tf.summary 的方法。 tf.summarysummary是tf的一个py文件,位置在 '/tensorflow/python/summary/' 文件夹下,提供 ...

Wed Apr 04 06:25:00 CST 2018 0 926
Post-GWAS: eQTL、mQTL共定位分析(Summary-data-based Mendelian Randomization,SMR)

1、eQTL、mQTL共定位分析的作用 eQTL、mQTL共定位分析属于Post-GWAS的一项重要工作,旨在GWAS结果的基础上鉴定与表型相关的eQTL和mQTL位点。 传统的GWAS是将全基因组范围内的常见变异进行关联分析,鉴定与表型相关的基因座,但鉴定出来的位点大多数位于基因间隔区 ...

Sat Dec 19 04:33:00 CST 2020 0 1079
GWAS 汇总数据库大全

简介 本文汇总一些常见的GWAS summary数据链接(定期更新) 一、GWAS汇总数据库(全表型) 1.IEU OpenGWAS:包含42,484 个GWAS摘要数据集的214,725,223,303 个遗传关联的数据库 2.PheWeb: 包含Biobank Japan,以及UKB ...

Fri Jan 21 17:57:00 CST 2022 0 14065
GWAS Catalog数据库简介

GWAS Catalog The NHGRI-EBI Catalog of published genome-wide association studies EBI负责维护的一个收集已发表的GWAS研究的数据库 Catalog stats Last data release ...

Thu Oct 17 06:27:00 CST 2019 0 1533
GWAS研究case和control的比例是有讲究的?

GWAS研究,表型分两种。第一种是线性的表型,如果身高、体重、智力等;第二种是二元的表型,比如患病和未患病,即通常所说的case和control。对于表型是线性的样本来说,是不存在case和control比例不平衡的情况的,但是对于表型是二元的样本,比如疾病和对照组(健康人群),case ...

Fri Mar 29 22:38:00 CST 2019 3 927
Summary: Java函数参数的传递

函数调用参数传递类型(java)的用法介绍. java方法传值和传引用的问题是个基本问题,但是也有很多人一时弄不清。 (一)基本数据类型:传值,方法不会改变实参的值。 程序执行结果:a=0 。 (二)对象类型参数:传引用,方法体内改变形参引用 ...

Thu Jun 12 13:54:00 CST 2014 0 2321
 
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