共线性分析-MCscan - python （jcvi）
本来是不会再写这个文档的，但是由于长时间没有用这个模块，这个模块不知道是我自己弄掉了，还是别的同学误删了，于是我重新安装一下。 首先下载conda，并下载好python which pip 直接安装 注意： 1. 请下载conda3版本，本模块 ...
原文：生物信息-McScan（Python-jcvi）共线性画图
比较基因组学中，共线性的分析的图无疑是最漂亮的。 共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件。 本文主要介绍的是唐老师的Python版McScan jcvi工具包 ，这个包很强大，但是其功能在官网的说明并不详细，在众人的博客中也比较零散。 我刚使用这个包的时候 年 还很难安装，需要预装各种依赖，不过现在的同学们很幸福了，可以直接用pip一键安装了。 软件包链接：https: github.com ...
2020-10-17 21:39 0 4075 推荐指数：
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MCscan-Python-jcvi 共线性画图最后一章更新
经过几轮调试和修改，共线性图终于可以上眼了。如下： 图中红色的为目标基因，蓝色的为reference species目标基因周围15个基因，天蓝色为再往外15个基因，黄色为与reference species存在的共线性，灰色为相邻物种间的共线性。 标注有物种信息，scaffold ...
【比较基因组】McScan jcvi比较两个基因组共线性细节记录
目录 软件的安装 基因组的准备 一些细节 建议和示例 软件的安装 Python版McScan（jcvi工具包）：https://github.com/tanghaibao/jcvi 以前只有python2，现在已有python3版本，建议用py3 ...
Python：多重共线性检验
本文出处：https://www.pythonheidong.com/blog/article/891810/fca72fefb44eebb191e8/ 1.多重共线性概念 共线性问题指的是输入的自变量之间存在较高的线性相关度。共线性问题会导致回归模型的稳定性和准确性大大降低，另外，过多 ...
基因共线性
共线性又称同线性，是一个物种的基因组中相互连锁的基因，在另一物种的基因组中也是连锁关系， 而且在两个物种的遗传图上的位置也是相同的 。 ...
多重共线性
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多重共线性诊断及处理
一、定义 多重共线性（Multicollinearity）是指线性回归模型中的解释变量之间由于存在较精确相关关系或高度相关关系而使模型估计失真或难以估计准确。完全共线性的情况并不多见，一般出现的是在一定程度上的共线性，即近似共线性。 二. 目前常用的多重共线性诊断方法 1.自变量 ...
讲讲共线性问题
作者：JSong，时间：2017.12.18，公众号：JSong老师 多重共线性是使用线性回归算法时经常要面对的一个问题。在其他算法中，例如决策树和贝叶斯，前者的建模过程是逐步递进，每次拆分只有一个变量参与，这种建模机制含有抗多重共线性干扰的功能；后者干脆假定变量之间是相互独立的，因此从表面上看 ...