杂合度计算分为两种：位点杂合度和样本杂合度 1、计算位点杂合度，测试数据如下: 2、--hardy计算位点杂合度 2、--het 计算样本杂合度 首先要剔除没有多态的位点： ...

在测序一个新物种时，首先需要对该物种的基因组结构有所了解，包括以下几个内容： 基因组大小 重复片段大小 杂合度大小 基因组越大，杂合度也大，重复片段越大，该物种的组装难度就越大。通常我们会通过genome survery分析，对以上几个指标 ...

PLINK提供了“--ld”的参数计算两个SNP位点的连锁不平衡值。 命令如下： plink --file file --ld rs123 rs134 --out rs123_rs134 生成如下数据： --ld rs123 rs134: R-sq ...

一、联系 当一个程序段或语句（指令） 引用了其它程序段或语句（指令）中所定义或使用的数据名（即存贮区、地址等）或代码时，他们之间就发生了联系。一个程序被划分为若干模块时，联系既可存在于模块之间，也可 ...

1.基本概念 大部分的二倍体细胞，比如人类体细胞，拥有两份基因组，一份来自于父亲，另一份来自于母亲，每一份基因组大概有30亿个碱基。 在不同个体中，基因组的碱基内容大部分是相同的，只有少部分是不同的，这些不同的就成为SNP（单核苷酸多态性）。 在某一个碱基上，如果来自父本和母本的碱基 ...

最近有需求，对WGS测序获得SNP信息进行筛减，可问题是测序个体少，call rate，maf，hwe，等条件过滤后，snp数量还是千万级别，所以后面利用plink工具根据LD信息来滤除大量SNP标记。 工具版本：PLINK v1.90b4.6 64-bit (15 Aug 2017) 一、格式 ...

一、什么是耦合度　　耦合度就是某模块（类）与其它模块（类）之间的关联、感知和依赖的程度，是衡量代码独立性的一个指标，也是软件工程设计及编码质量评价的一个标准。耦合的强度依赖于以下几个因素：（1）一个模块对另一个模块的调用；（2）一个模块向另一个模块传递的数据量；（3）一个模块施加到另一个模块的控制 ...

plink --bfile file --extract all.snp --r2 --ld-window-kb 1000 --ld-window-r2 0.8 --ld-snp-list all.snp --out all.snp.08.inter all.snp文件如下所示： ...