原文:【数据库】本地KEGG数据库如何拆分子库?

目录 KEGG本地库文件 按物种拆分KEGG数据库 .获得物种分类信息 .获得物种分类的序列信息并建库 .获得物种分类的K ko对应文件 根据相似性原理,序列相似,功能相似,所有功能注释无非是用比对工具将输入序列比对到数据库序列,再将输入ID对应数据库ID,进一步对应到功能条目的关系。 数据库要么建到本地,要么联网调用API,一般的软件或包做注释都是通过联网来获得,或者调用依赖的一些专门注释的包 ...

2020-09-25 22:55 0 506 推荐指数:

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KEGG数据库

参考:KEGG数据库中文教程 - 博奥 &【学习笔记】KEGG数据库 - 微信 学习一个技能最主要的事情你必须知道,那就是能通过它来做什么? KEGG数据库里面有什么? 如何查询某一特定的代谢途径(pathway)的信息,例如Glycolysis ...

Mon Dec 26 19:08:00 CST 2016 0 4000
KEGG数据库介绍

1、KEGG简介 KEGG 数据库于 1995 年由 Kanehisa Laboratories 推出 0.1 版,目前发展为一个综合性数据库,其中最核心的为 KEGG PATHWAY 和 KEGG ORTHOLOGY 数据库。在 KEGG ORTHOLOGY 数据库中,将行使相同功能 ...

Wed Sep 12 19:13:00 CST 2018 0 2257
如何构建自己的KEGG数据库

本文转自Y叔公众号 自己KEGG数据库好处: 可重复性好 没网也可以进行分析 步骤 1 在KEGG官网找到自己物种的3字符缩写 2 加载Y叔获取kegg.db 的R包 3 下载所需要物种的KEGG.db 4 测试本地的包 ...

Sat Dec 28 00:19:00 CST 2019 0 1146
KEGG 数据库本地化(enrichKEGG)

在使用clusterProfiler时,KEGG注释包,可以自定义。毕竟许多物种的数据库是不完善的。现在就自定义一个KEGG.db的包,用于KEGG注释。 第一步,先去上述官方地址找到自己研究的物种在KEGG数据里的3字符缩写,比如:人的缩写是hsa #安装Y叔的包, #安装创建KEGG数据库 ...

Wed Apr 13 01:34:00 CST 2022 0 2788
数据库本地NR数据库如何按物种拆分

目录 1.准备本地数据库文件 1.1 NR下载 1.2 Taxonomy数据库下载 2.按物种拆分NR 2.1 第一步:获得Aceesson和分类物种的对应关系 2.2 第二步:获得分类物种的序列 ...

Sun Sep 27 04:27:00 CST 2020 0 1112
KEGG orthology (KO) 数据库简介

KEGG, 简称京都基因组百科全书,包含了许多的数据库,对于研究基因功能来说,KEGG orthology 数据库是最基本的一个数据库KEGG Orthology 简称KO, 对于每个功能已知的基因,会把和其同源的基因所有基因都归为一类,就是每一个KO, 并赋予一个K number ...

Fri Mar 24 00:20:00 CST 2017 0 7239
数据库表的拆分

将存放在同一个数据库中的数据分散存放到多个数据库上,实现分布存储,通过路由规则路由访问特定的数据库这样一来每次访问面对的就不是单台服务器了,而是N台服务器,这样就可以降低单台机器的负载压力。sqlserver 2005版本之后,可以友好的支持“表分区”。   垂直(纵向)拆分:是指 ...

Thu Apr 16 22:33:00 CST 2020 0 672
数据库拆分案例

杭州湖畔网络技术有限公司是一家专业提供SaaS化电商ERP服务的创业公司,主要用户群体为经营淘宝、天猫、京东等主流电商平台、自建商城、线下渠道的商家及中小企业。作为SaaS服务提供商,服务数万乃至数十万级用户是业务架构初期就必须考虑的问题。庞大的用户群以及海量的用户数据意味着基础设施的构建必须兼顾 ...

Tue Feb 21 04:22:00 CST 2017 0 2597
 
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