目录 什么是eQTL 是通过哪些数据计算得来的，数据格式是什么 eQTL一般都富集在基因组的什么区域 几个常见的eQTL数据库 什么是GTEx 目前第几版了 GTEx里面有哪些数据 GTEx有哪几篇里程碑文章 大部分课题组是如何利用GTEx数据的 GTEx eQTLGen数据下载download GTEx files 小知识 一个SNP与一个gene，一般就选TSS上下游的gene，blood是金 ...
2020-09-23 17:07 0 3014 推荐指数：
MatrixEQTL是一个快速有效的cis/trans eQTL mapping分析工具，被The Genotype-Tissue Expression (GTEx)数据库用于eQTL mapping分析。使用MatrixEQTL进行eQTL mapping需要五个输入文件，即SNP.txt ...
首先QTL是数量性状位点，比如身高是一个数量性状，其对应的控制基因的位点就是一个数量性状位点，而eQTL就是控制数量性状表达位点，即能控制数量性状基因（如身高基因）表达水平高低的那些基因的位点。 数量性状基因座：控制数量性状的基因在基因组中的位置称数量性状基因座。常利用DNA分子标记技术对这些区域 ...
首先QTL是数量性状位点，比如身高是一个数量性状，其对应的控制基因的位点就是一个数量性状位点，而eQTL就是控制数量性状表达位点，即能控制数量性状基因（如身高基因）表达水平高低的那些基因的位点。 数量性状基因座：控制数量性状的基因在基因组中的位置称数量性状基因座。常利用DNA分子标记技术 ...
GTEx database：该数据库是健康人贡献的组织的RNASeq的数据。还有snp信息。将snp信息与gene的表达水平结合起来。 donor： donor贡献的tissue。 gene表达水平（用FPKM表示gene的表达水平）受其周围snp的影响，这样的gene ...
及整理 从GTEX官网下载表达谱数据并与表型文件整理合SummarizedExperiment格式 ...
到底什么是eQTL？ eQTL和QTL之间有什么联系？为什么说QTL比eQTL难很多？ QTL和GWAS有什么关系？ GTEx数据库里的eQTL数据如何利用？ 说eQTL之前必须先解释QTL，QTL，一说到中文名就清楚了，数量性状位点，就是一个性状，比如身高，会由成百上千个基因来决定 ...
转自生信菜鸟团,如有侵权j,请联系微信:biozhangz进行删除. GTEx数据库-TCGA数据挖掘的好帮手 Posted on 2018年11月26日 通常我们在挖掘TCGA数据库的时候，会发现该项目纳入的正常组织测序结果是非常少的，也就是说很多病人都不会有他的正常 ...
1、eQTL、mQTL共定位分析的作用 eQTL、mQTL共定位分析属于Post-GWAS的一项重要工作，旨在GWAS结果的基础上鉴定与表型相关的eQTL和mQTL位点。 传统的GWAS是将全基因组范围内的常见变异进行关联分析，鉴定与表型相关的基因座，但鉴定出来的位点大多数位于基因间隔区 ...
