FEM是一个整合RANSEQ和DNA甲基化数据的R包，由Andrew E. Teschendorff 和 Zhen Yang 开发、维护。 不多说，下面介绍如何使用FEM整合RANSEQ和DNA甲基化数据分析。 1、安装、下载FEM 2、下载数据adj.m adj.m数据存储在网 ...

最近在分析甲基化数据，发现ChAMP包的输入端是beta（甲基化数据）和pheno（表型数据），找不到校正协变量（比如年龄、性别、批次等）的输入端。 如下代码所示： 查了一下ChAMP包的代码，发现ChAMP包调用的是limma函数。 因此，这事就比较好解决了。 只需要在原代码 ...

一、DNA甲基化简介 1 、概念：DNA甲基化是一种重要的表观遗传，是指DNA被化学小分子修饰的一种方式，即甲基（-CH3）共价结合到脱氧核糖核苷酸上，可以不改变脱氧核糖核苷酸序列而引起基因表达的的改变。 2 、发生位点：真核生物常见的甲基化位点有CpG（最主要）、CHG（H指A/T/C ...

目录 导论 DNA甲基化基本概论 检测DNA甲基化的方法 DNA甲基化数据分析流程及方法 DNA甲基化在肿瘤研究中的应用 导论 表观遗传：非DNA决定的基因表达，或表型改变中可遗传因素的研究 DNA水平：甲基化（胞嘧啶（二代测序为主 ...

　　摘要:mapreduce中执行reduce(KEYIN key, Iterable<VALUEIN> values, Context context)，调用一次reduce方法，迭代value集合时，发现key的值也是在不断变化的，这是因为key的地址在内部会随着value的迭代 ...

甲基化问题锦集 【2017-02-18】 今天小编和大家聊聊甲基化。 问：什么是表观遗传修饰？ 答：基因组表观遗传修饰主要包括DNA甲基化修饰与核小体中组蛋白的修饰等，使得被修饰DNA ...

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