原文:基因组Denovo组装原理、软件、策略及实施

目录 . 组装算法 基于OLC算法 基于DBG算法 OLC vs DBG . 组装软件 . 组装策略 . 组装项目实施 测序前的准备 测序样品准备 测序策略的选择 质控 基因组组装 质量评估 基因组注释 生物学分析 更多参考内容 . 动植物Denovo测序项目的主要分析内容 . 组装算法 一般有基于OLC Overlap Layout Consensus, 先重叠后扩展 和基于DBG De Br ...

2020-09-01 16:47 0 3392 推荐指数:

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NextDenovo 组装基因组

NextDenovo 是有武汉未来组团队开发出来用于组装ONT,Pacbio, HIFI (默认参数可对60-100X数据更有效),可通过correct--assemble对其进行组装组装后,每个碱基正确率为98-99.8%, 可进一步通过NextPolish进行polish。 具体 ...

Fri Jan 22 22:52:00 CST 2021 0 456
PacBio全基因组测序和组装

PacBio公司的业务范围也就5个(官网): Whole Genome Sequencing Targeted Sequencing Complex Populations RNA Sequencing Epigenetics 其中全基因组测序应该是PacBio ...

Sun Nov 27 04:15:00 CST 2016 0 1379
经典:基因组测序数据从头拼接或组装算法的原理

基因组测序数据的拼接/组装 (图片来源:google) 每一个物种的参考基因组序列(reference genome)的产生都要先通过测序的方法,获得基因组的测序读段(reads),然后再进行从头拼接或组装(英文名称为do novo ...

Fri Sep 27 18:30:00 CST 2019 0 515
「三代组装」使用Pilon对基因组进行polish

对初步组装进行polish 以FASTA和BAM文件作为输入,根据比对结果对输入的参考基因组进行提高,包括 单碱基差异 小的插入缺失(indels) 较大的插入缺失或者block替换 填充参考序列中的N 找到局部的错误组装 最后输出polish后的FASTA ...

Mon Sep 23 19:43:00 CST 2019 0 556
组装三代番木瓜基因组——by Serenity Fang

# 估算测序深度、reads数目、N50等值(自写perl程序): $ perl ~/TangerScript/fqStat -i sunset.raw.subreads.fastq -g 372m 统计结果如下: # 基因组组装三步走1. Correction 2. ...

Wed May 17 04:49:00 CST 2017 0 1763
二代数据组装叶绿体基因组

与核基因组相比,细胞器基因组相对来说,更为保守,并且序列较短,更加易于组装,仅仅根据二代测序reads即可进行组装。 下面简单介绍我在本项目中的方法,仅供参考。 1 数据 本次我使用的二代数据为50X。下机后,首先通过fastq对其进行过滤,改软件操作较为简单,仅仅使用-q 20 ...

Mon Jan 25 21:09:00 CST 2021 0 540
组装之后的三代基因组进行polish

一:利用pilon软件进行二代数据对三代数据polish 准备数据 : 三代数据组装好的基因组文件:draft.fa illumina的双端测序数据经过质控之后的数据:read1_fq.gz read2_fq.gz 比对(bwa) 构建索引 ...

Sat Jun 06 01:36:00 CST 2020 0 1189
基因组组装评估】转录比对率

做完基因组组装后,通常要评估基因组的质量,目前可以采用二三代数据比对回基因组看比对率和coverage,BUSCO,LAI等。转录数据比对率也是我们常用的方法,通常可以排除转录数据是否存在问题,也方便在后续注释中排除转录数据样本的问题。 可以用HiSAT2比对来查看比对率 ...

Fri Oct 29 22:27:00 CST 2021 0 873
 
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