原文:【3】肿瘤基因组数据分析方法概述

目录 肿瘤基因组分析 肿瘤标准分析 高级分析 肿瘤数据库 肿瘤基因组分析 肿瘤进化过程 基本概念:germline somatic driver passenger mutation 二次打击学说:生殖突变 体细胞突变 主要基于体细胞突变研究 发展趋势:小样本WES 大样本多组学 液体活检,免疫疗法,人工智能,微生物 肿瘤标准分析 肿瘤研究整体流程 测序策略:WGS,WES,WXS 目标区域捕获 ...

2020-08-25 09:46 0 948 推荐指数:

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《全基因组测序WGS数据分析——1.DNA测序技术》学习笔记

WGS(Whole Genome Sequencing) 指将物种细胞里面完整的基因组序列全部DNA,检测并排列,此技术几乎能够鉴定出基因组上任何类型的突变。 对于人类来说,全基因组测序的价值是极大的,它的信息包含了所有基因和生命特征之间的内在关联性,当然也意味着更大的数据解读 ...

Tue Jun 29 19:59:00 CST 2021 0 161
基因组数据分析原始数据到变异数据(Fastq->VCF)

WGS数据分析目的:检测出每个样本基因组中的变异集合(不同样本中的差异序列)WGS数据分析流程分为三步:原始数据质控 -> 数据预处理 -> 变异检测1.原始数据质控阶段:拿到原始测序数据 -> QC过滤低质量的read数据2.数据预处理阶段:read比对 -> sort ...

Sat May 30 06:20:00 CST 2020 0 771
R语言基因组数据分析可能会用到的data.table函数整理

版权声明:本文为博主原创文章,转载请注明出处 R语言data.table包是自带包data.frame的升级版,用于数据框格式数据的处理,最大的特点快。包括两个方面,一方面是写的快,代码简洁,只要一行命令就可以完成诸多任务,另一方面是处理快,内部处理的步骤进行了程序上 ...

Sat Mar 25 05:56:00 CST 2017 0 6474
《全基因组测序WGS数据分析——1.DNA测序技术》学习笔记WGS

WGS(Whole Genome Sequencing) 指将物种细胞里面完整的基因组序列全部DNA,检测并排列,此技术几乎能够鉴定出基因组上任何类型的突变。 对于人类来说,全基因组测序的价值是极大的,它的信息包含了所有基因和生命特征之间的内在关联性,当然也意味着更大的数据解读 ...

Fri Jul 02 02:01:00 CST 2021 0 204
[原]基因组变异检测概述

考虑到cnblog不适合基因组领域这种类型的文章,进过多番折腾,终于用jekyll+github搭了个独立博客www.huangshujia.me,现在博客已经搬迁! 首先,在开始之前我觉得有必要稍微科普缓冲一下,以便不使得不熟悉生物信息或基因组的客官们疑惑。O(∩_∩)O! 1. ...

Sun Sep 29 08:19:00 CST 2013 5 3582
基因组共线性分析方法

#===================================== 版本1 ================================== 链接地址:http://chib ...

Tue Nov 28 01:49:00 CST 2017 0 4061
python 数据分析概述

一、数据分析概念: 广义的数据分析包括狭义数据分析数据挖掘。 ①狭义的数据分析是指根据分析目的,采用对比分析、分组分析、交叉分析和回归分析分析方法,对收集的数据进行处理与分析,提取有价值的信息,发挥数据的作用,得到一个特征统计量结果的过程。 ②数据挖掘则是从大量 ...

Mon Jul 22 05:49:00 CST 2019 0 1083
 
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